enrichment analysis GO enrichment analysisGO enrichment analysisHolger Froehlich
R包clusterProfiler囊括了前面提到的两种富集分析方法。并且不只支持GO、KEGG数据库,还支持Disease Ontology、MsEH enrichment analysis、Reactome通路分析等。具体可见软件的文档页https://guangchuangyu.github.io/clusterProfiler/。 这么强大的工具,学习起来的路子却不是一帆风顺,最开始的拦路虎是软件的安装,系统较老配合上...
http://guangchuangyu./2015/02/kegg-enrichment-analysis-with-latest-online-data-using-clusterprofiler/。 # clusterProfiler3.4.4版本是没有readable参数的,原文档有kk <- enrichkegg(entrezid,="" organism='hsa' ,="" pvaluecutoff="0.05," padjustmethod='BH' ,="" ="" ="" ="" ="" ="" ="...
功能的显著性分析——GO Enrichment Analysis 功能富集分析 价格: 在线询价 地址:北京 周期:7个工作日 查看商家电话 服务描述 服务简介 Gene Ontology(GO)是基因功能国际标准分类体系。GO富集分析是对差异基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、错判率分析、富集度分析,得到与实验目的有显著联系的...
http://guangchuangyu.github.io/2015/02/kegg-enrichment-analysis-with-latest-online-data-using-clusterprofiler/。 代码语言:javascript 复制 # clusterProfiler3.4.4版本是没有readable参数的,原文档有 kk<-enrichKEGG(entrezID,organism="hsa",pvalueCutoff=0.05,pAdjustMethod="BH",qvalueCutoff=0.1) ...
Commonly used enrichment analyses encompass GO enrichment analysis, KEGG enrichment analysis, and GSEA enrichment analysis. The purpose of GO functional annotation is to link the gene set of interest with gene functions. The Gene Ontology is an online database designed to describe gene product functio...
http://guangchuangyu.github.io/2015/02/kegg-enrichment-analysis-with-latest-online-data-using-clusterprofiler/。 # clusterProfiler3.4.4版本是没有readable参数的,原文档有 kk <- enrichKEGG(entrezID, organism="hsa", pvalueCutoff=0.05, pAdjustMethod="BH", ...
功能的显著性分析——GO Enrichment Analysis Gene Ontology(GO)是基因功能国际标准分类体系。GO富集分析是对差异基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、错判率分析、富集度分析,得到与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类,该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。在芯片...
singular enrichment analysis (SEA)分析(SEAは各termを独立して評価する。 term間の階層的関係は無視される、リストが多いと重い)、gene set enrichment analysis (GSEA)(PAGEはよりたくさんの遺伝子/プローブリストを扱え、長いリストの時に使う。fold change情報が必要)等を選べる。SEAはリストのみ...
SEA是普通的GO enrichment analysis(Fig. 1),结果以列表的形式给出,同时也可以使用网站自带的可视化功能。REVIGO可以将缩减很长的GO结果,同时给出semantic similarity-based scatterplots,结果以图片的形式给出,同时也可以保存相应的R script在R中进行调整。REVIGO也可以使用单独的网站http://revigo.irb.hr/。