Gene set enrichment analysis.Amanda, PadovanHardip, R. PatelAaron, ChuahGavin, A. HuttleySandra, T. KrauseJörg, DegenhardtWilliam, J. FoleyCarsten, Külheim
今天给大家分享一篇文献《Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles》,翻译一下就是,基因集富集分析:一个基于先验知识的解释全基因组表达谱的工具。这篇文章被引次数超级高,已经有35875次了。 富集分析在生信研究中运用的十分广泛,我们就从GSEA的原论...
根据上述情况,有了GSEA(Gene Set Enrichment Analysis),其思路是发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. 主要是要有两个概念: 1. 预先定义的基因集S(基于先验知识的基因注释信息,比如某一个生物功能或者信号通路里面涉及的基因。在...
GSEA(Gene Set Enrichment Analysis),该方法发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach forinterpreting genome-wide expression profiles,是一种基于基因集的富集分析方法,在对基因表达数据分析时,首先确定分析的目的,即选择MSigDB中的一个或多个功能基因集进行分析(基因矩阵转置文件格式(* ...
一、fgsea包,fgsea是Fast Gene Set Enrichment Analysis的缩写 1. 首先需要准备好rank文件,就是排好序的基因列表文件。一般做完差异表达分析都能得到这样一个文件。第一列是entrez gene id号,第二列可以是t值,也可以是foldchange。 >ranksIDt1170942-63.3370342109711-49.747787318124-43.638784412775-41.518887572148-33.26...
Gene Set Enrichment Analysis( GSEA )是一种基于基因功能 / 通路的富集分析方法。首先基于基因表达数据的变化的大小进行排序,然后对选定的或者自定义的Gene Set进行富集,最后计算一个富集打分( ES Score),这种分析方法可以很好的对某一通路、功能进行研究,避免了直接计算P值而忽略一些重要的基因信息,同时分析是按照某...
Gene Set Enrichment Analysis( GSEA )是一种基于基因功能 / 通路的富集分析方法。首先基于基因表达数据的变化的大小进行排序,然后对选定的或者自定义的Gene Set进行富集,最后计算一个富集打分( ES Score),这种分析方法可以很好的对某一通路、功能进行研究,避免了直接计算P值而忽略一些重要的基因信息,同时分析是按照某...
定义:GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种基于基因集的富集分析方法, 用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献 基本原理: 使用预定义的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然...
一、fgsea包,fgsea是Fast Gene Set Enrichment Analysis的缩写 1. 首先需要准备好rank文件,就是排好序的基因列表文件。一般做完差异表达分析都能得到这样一个文件。第一列是entrez gene id号,第二列可以是t值,也可以是foldchange。 > ranksID t1 170942 -63.3370342 109711 -49.7477873 18124 -43.6387844 12775 ...
GSEA(Gene set enrichment analysis, 基因集富集分析) 基本思路:“碰到1个基因就往上” 示例 NES:富集分数 这个图说明:在 KIRP 中,HDAC11 与 EMT 信号通路(第4个)呈负相关等等。 跟随GSEA出来的,还有这样一个表格: p值:分析GSEA的结果是否显著:要求Pvalue<0.05 ...