go富集的pvalue计算公式go富集的pvalue计算公式 P value是利用超几何检验计算出来的,具体公式如下: 其中,N为所有Unigene中具有GO注释的基因数目;n为N中差异表达基因的数目;M为所有Unigene中注释为某特定GO term的基因数目;m为注释为某特定GO term的差异表达基因数目。 计算得到的P value会进一步经过多重检验校正,...
其中RichFactor指差异表达的转录本中位于该GO条目的转录本数目与所有有注释转录本中位于该GO条目的转录本总数的比值,RichFactor越大,表示富集的程度越大。Qvalue是做过多重假设检验校正之后的Pvalue,取值范围为0到1,越接近于零,表示富集越显著。图右侧信息依次为RichFactor值,Pvalue值以及该点对应的GO term名称。
这些GO term是按照P value从小到大排列的,方便老师找差异富集结果。如在这个例子中,microtubule-based process为在差异基因中富集最显著的GO term,说明profile1中的基因显著富集于这个功能。 3. GO有向无环图(out.C/P/F.png) 从整体上来看,GO注释系统是一个有向无环图(Directed Acyclic Graphs),GO各term之间...
分子是富集到这个GO条目上的gene的数目,分母是所有输入的做富集分析的gene的数目,可以是差异表达分析得到的geneBgRatio:BackgroundRatio.这里也是一个分数,分母是人的所有编码蛋白的基因中有GO注释的gene的数目,这里是19623个,分子是这19623个gene中注释到这个GO条目上面的gene的数目pvalue:富集的p值p.adjust...
GO富集分析 数据来源表达量差异分析的表格,需要log2(foldchange),Pvalue,FDR 差异基因表达分析.png 上下调基因筛选,上调基因筛选条件log2(foldchange)>=1,Pvalue<=0,05;上调基因筛选条件log2(foldchange)<=1,Pvalue<=0,05 以筛选上调基因为例 image.png...
目前可以调整富集分析的pvalueCutoff和qvalueCutoff值,图的宽和高,字号大小。 pvalueCutoff是在假设检验中常用的一个参数,用于描述检验结果是否具有统计显著性。在富集分析中,p-value表示一个富集分析结果与随机事件产生该结果的概率大小。p-value越小,代表该结果的富集程度越显著。
pvalue:富集的p值 p.adjust:校正之后的p值 qvalue:q值 geneID:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的具体的 gene名字 Count:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的gene的数目 有时候我们得到的富集结果中geneID这一列显示的是基因的名字(symbol),有时候显示的是一串数字(Entrez gene ID)或者...
pvalue: 统计检验的p值,表示在零假设下观察到的差异或效应发生的概率。 padj: 经过多重检验校正后的p值,用于控制多重检验的误差,提高差异的可靠性。 然后使用最流行的clusterProfiler进行GO数据库的注释 前面提到了,GO数据库 注释通常包括三个方面的信息:分子功能(Molecular Function)、细胞组分(Cellular Component)和...
i am off today i am old i am pierrot simple p i am really kind of t i am responsible i am sailing i am sai i am satisfied with u i am scared to death i am sitting in the m i am sorry i am not f i am supposed to know i am talking of love i am terrible i am ho i ...
int|string是KEY的类型约束,float32|float64是VALUE的类型约束 KEY int|string, VALUE float32|float64整个一串文本因为定义了所有形参所以被称为类型形参列表 Map[KEY, VALUE] 是泛型类型,类型的名字就叫 Map[KEY, VALUE] var a MyMap[string, float64] = xx中的string和float64是类型实参,用于分别替换KEY和...