go富集的pvalue计算公式 P value是利用超几何检验计算出来的,具体公式如下: 其中,N为所有Unigene中具有GO注释的基因数目;n为N中差异表达基因的数目;M为所有Unigene中注释为某特定GO term的基因数目;m为注释为某特定GO term的差异表达基因数目。 计算得到的P value会进一步经过多重检验校正,得到corrected-pvalue(也...
通过计算得到的P value会进一步经过多重检验校正,通常应用的是BH方法,得到FDR值。然后以FDR≤0.05为阈值,满足此条件的pathway/GO term定义为在差异表达基因中显著富集的pathway/GO term。 2. 前景基因与背景基因 这有两个重要的概念,前景基因和背景基因。因为所谓富集,就是比较某个GO term里的基因在前景基因所占的...
p-value是通过T检验产生的一个参数,它代表了两组样本之间的差异性。 一般来说,当p-value<0.05时,我们认为这两组样本差异显著。 一般情况下,看p-value即可判断样本差异性,但是事实情况并非如此。 有时候我们会在样本中发现许多0值,然后少量其它值,这种情况就会对p-value的可靠性造成影响,往往这种情况p-value会很...
关于富集圈图,由外向内,第1圈为GO id(或pathway id)标签,第2圈的条形长度对应背景基因数,颜色的深浅对应显著程度,即Pvalue(或Qvalue);第3圈对应目的基因数;第4圈(极坐标柱状图)为富集因子(Rich factor)。 数据整理 01 使用工具自带的背景基因文件 如果你的数据源于常见的模式物种,比如人、水稻、拟南芥、小鼠...
pvalue:富集的p值 p.adjust:校正之后的p值 qvalue:q值 geneID:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的具体的 gene名字 Count:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的gene的数目 这张表里面没有提到富集倍数(fold enrichment) 代码语言:javascript ...
这里也是一个分数,分母是人的所有编码蛋白的基因中有GO注释的gene的数目,这里是19623个,分子是这19623个gene中注释到这个GO条目上面的gene的数目pvalue:富集的p值p.adjust:校正之后的p值qvalue:q值geneID:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的具体的gene名字Count:输入的做富集分析的gene中富集到这个...
pvalue:富集的p值 p.adjust:校正之后的p值 qvalue:q值 geneID:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的具体的 gene名字 Count:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的gene的数目 这张表里面没有提到富集倍数(fold enrichment) fold enrichment = GeneRatio / BgRatio ...
pvalue:富集的p值 p.adjust:校正之后的p值 qvalue:q值 geneID:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的具体的 gene名字 Count:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的gene的数目 有时候我们得到的富集结果中geneID这一列显示的是基因的名字(symbol),有时候显示的是一串数字(Entrez gene ID)或者...
其中RichFactor指差异表达的转录本中位于该GO条目的转录本数目与所有有注释转录本中位于该GO条目的转录本总数的比值,RichFactor越大,表示富集的程度越大。Qvalue是做过多重假设检验校正之后的Pvalue,取值范围为0到1,越接近于零,表示富集越显著。图右侧信息依次为RichFactor值,Pvalue值以及该点对应的GO term名称。
横坐标:p-value取负对数(-lgP),其值越大表明p value越小,即该差异基因通路显著性水平越高。 气泡:颜色代表-lgP值高低,大小代表该通路中差异基因数量的多少。 筛选到差异基因显著性通路之后,为了后续研究,我们肯定想知道这些差异基因在通路中的上下调关系...