KEGG是一个数据库资源,提供了关于细胞代谢、生物合成、疾病等过程的详细信息。KEGG富集分析可以帮助我们理解差异基因在已知的代谢和信号转导通路中的位置和作用。 结果图解读📈 图1:GO barplot(GO条形图) 图2:GO dotplot(GO点图) 图3:GO circ(GO环形图) 图4:KEGG barplot(KEGG条形图) 图5:KEGG dotplot(K...
GO和KEGG富集分析结果 分析结果图 2.7.3 取交集 根据文章分析流程,将DEGs和WGNCA分析获得的结果去交集,获得的交集基因进行后续分析。 在差异分析中,我们获得600多个DEGs,在WGCNA分析中,与纤维化相关的模块为“yellow”。 共有200多个基因。 WGCNA分析全部结果。 2.7.4 获得交集并绘制韦恩图 汇总数据 绘制...
单基因GO+KEGG富集分析 2)共表达,找到与候选基因共表达的其他基因,然和再拿这些基因去做富集分析。当然这里的共表达可以用最朴素的相关性值来衡量,比如相关系数>0.8或者<-0.8。当然也可以使用更高级一点的WGCNA分析,找个候选基因的共表达模块,然后把整个模块中的基因拿去做富集分析。 基于GEO数据的WGCNA分析 接下来...
KEGG通路富集分析方法与GO富集相似,也是通过Fisher精确检验来分析各个通路的显著性水平,从而确定受到显著影响的代谢和信号转导途径。📊 富集结果解释及可视化调整 富集结果可以用气泡图、柱形图、聚类图、网络图等多种方式呈现。纵坐标表示pathway名称,横坐标表示pathway对应的Pvalue值。Rich factor的大小用点的颜色来表示...
③ kegg:输入的 KEGG 富集分析结果。 ④ title = '':去除标题,你可以自定义标题。 ⑤ color = 'p.adjust':条形图的颜色依据 p 值调整。 ⑥ showCategory = 15:显示前 15 个富集通路。 ⑦ font.size = 12:条目字体大小设置为 12。 ⑧ scale_y_discrete(labels = function(y) stringr::str_wrap(y...
GO&KEGG富集分析及结果图解读一次性说清楚,蕞后是给大家整理的关于富集分析的资料,附代码允许白嫖0 0 发表评论 发表 作者最近动态 望无际这方天 2025-01-08 笔记本清灰和换液金的四大好处🌬️ 提升...全文 +2 望无际这方天 2025-01-08 🔥聚类热图详解:基因表达新视角📈聚类热...全文 +3 望无...
关于如何进行GO、KEGG富集分析(上), 视频播放量 204、弹幕量 0、点赞数 4、投硬币枚数 0、收藏人数 3、转发人数 0, 视频作者 靠谱生信人, 作者简介 ,相关视频:【免费送】2024下教资面试备考资料合集(幼小中)+多机构网课+【卢姨】教资面试全流程+各科目逐字稿+面试题本
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term...
KEGG富集分析结果的主要统计表包含多列关键信息。首先，表格的第1列显示了当前通路富集分析所涉及的目的基因数量。紧接着，第2和第3列分别标出了KEGG A class和KEGG B class的分类信息。第4列则清晰地列出了各个Pathway的名称，点击这些名称可以直接链接到KEGG官网，查看对应的pathway map。此外，表格的第10列（...
GO和KEGG是两个包含基因功能信息的数据库。富集分析则是一种将这些功能信息进行整合计算的算法。GO和KEGG是基础,富集分析是整合过程,最终得到宏观的结果。希望这篇分享能帮助大家更好地理解GO和KEGG功能通路富集分析!如果有任何问题,欢迎在评论区留言哦!📩0...