1. 富集分析原理是什么? 基因功能富集分析,是指借助各类数据库和分析工具进行统计分析,挖掘在数据库中与我们要研究的生物学问题具有显著相关性的基因功能类别。它的统计原理是用超几何分布型来检验一组基因(共表达或差异表达)中某个功能类的显著性,通过离散分布的显著性分析、富集度分析和假阳性分析, 得出与实验目的...
本期内容将以KEGG富集分析举例来说明:1)富集分析的概念 2)富集分析的原理和 3)富集分析结果可视化。 What is Enrichment Analysis? 富集分析(Enrichment Analysis)是一种用于分析高通量实验数据的方法,通常用于理解基因集合或其他生物学实体在给定实验条件下的功能、通路或特定生物学过程的富集程度。富集分析的目标是确定...
你是否对富集分析感到困惑?GO和KEGG究竟有什么不同?这期视频,我们将用简单易懂的方式为你解读富集分析的概念,并深入浅出地讲解GO和KEGG这两大常用数据库的区别。无论你是生信新手还是对基因研究感兴趣,这个视频都能帮助你轻松掌握这些重要的知识点!, 视频播放量 36624
单基因GO+KEGG富集分析 2)共表达,找到与候选基因共表达的其他基因,然和再拿这些基因去做富集分析。当然这里的共表达可以用最朴素的相关性值来衡量,比如相关系数>0.8或者<-0.8。当然也可以使用更高级一点的WGCNA分析,找个候选基因的共表达模块,然后把整个模块中的基因拿去做富集分析。 基于GEO数据的WGCNA分析 接下来...
为什么做GO/KEGG富集分析 在进行差异表达分析的时候,我们会得到很多的差异表达基因,富集分析可以把这些差异基因概述成整体事件。A信号通路与症状有关,而不是A1/A2/A3等基因与症状有关。GO和KEGG就是基于不同的分类,而储存的基因相关功能的数据库。 利用GO数据库,我们就可以得到我们的目标基因在CC, MF和BP三个...
KEGG是一个数据库资源,提供了关于细胞代谢、生物合成、疾病等过程的详细信息。KEGG富集分析可以帮助我们理解差异基因在已知的代谢和信号转导通路中的位置和作用。 结果图解读📈 图1:GO barplot(GO条形图) 图2:GO dotplot(GO点图) 图3:GO circ(GO环形图) 图4:KEGG barplot(KEGG条形图) 图5:KEGG dotplot(...
但更侧重于代谢通路的研究。KEGG是功能富集，即基因（或多个基因）可能显著的集中在哪些通路上的富集。
KEGG富集分析工具网址: https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/pathwaygsea GO富集分析工具网址: https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/gogsea 一、数据准备 1 上传目的基因文件(或手动输入) 目的基因也就是所需要用来富集的前景基因,支持的文件格式有txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、...
富集分析作为常用工具，其原理是通过统计分析确定一组基因的功能类别与研究问题的关联性，运用超几何分布检验和多重检验校正，确保结果的显著性和低假阳性率。首要任务是将基因分类，通过P值和Q值判断相关性是否显著。前景基因和背景基因是关键概念，前景基因是实验组和对照组中表达变化明显的基因，但也可...