基因功能富集分析,是指借助各类数据库和分析工具进行统计分析,挖掘在数据库中与我们要研究的生物学问题具有显著相关性的基因功能类别。它的统计原理是用超几何分布型来检验一组基因(共表达或差异表达)中某个功能类的显著性,通过离散分布的显著性分析、富集度分析和假阳性分析, 得出与实验目的有显著关联的、低假阳性率...
富集分析作为常用工具，其原理是通过统计分析确定一组基因的功能类别与研究问题的关联性，运用超几何分布检验和多重检验校正，确保结果的显著性和低假阳性率。首要任务是将基因分类，通过P值和Q值判断相关性是否显著。前景基因和背景基因是关键概念，前景基因是实验组和对照组中表达变化明显的基因，但也可选...
10:06 KEG通路图 基本结构:点 线 13:33
1 GO和KEGG富集分析工具:Clusterprofiler包和REVIGO 进行基因功能或生物学通路富集的工具或网站有很多。像DAVID、IPA、GATHE等。我基本采用基于R的Clusterprofiler包。该包抓取最新的KEGG数据进行计算,保证富集结果的可靠性。另外,该包还可以对富集结果进行比较并可视化(基于ggplot2包:http://ggplot2.org/book/)。具体参...
专栏/KEGG富集分析原理与操作 KEGG富集分析原理与操作 2023年07月30日 21:55952浏览· 5点赞· 1评论 视频地址: KEGG富集分析原理与操作 吴虞yuuuuuuu 粉丝:77文章:88 关注 如何看懂KEGG通路图及其背后的网... P1 - 10:06KEG通路图 基本结构:点 线 如何看懂KEGG通路图及其背后的网... P1...
kegg_enrichment_test <- function(dat) { x <- dat$count-1 BgRatio_split <- str_split(dat$BgRatio, "/") m <- as.numeric(sapply(BgRatio_split, `[`, 1)) N <- as.numeric(BgRatio_split[[1]][2]) n <- N - m k = sum(dat$count) ...
up主,我想问我知道了我这些代谢物富集在了某个具体的第三级通路上,我如何能知道这个第三级通路的前面第二和第一级通路具体是啥呢,如何批量处理呢 2022-11-26 15:075回复 yydsxgml 可以求ppt吗老师 已关注 已三连 2024-04-03 10:42回复 怡Alexia 请问keggID是cfa+num是什么意思 2023-08-12 16:51回复462...
KEGG富集分析原理与操作(上) 48:53 KEGG富集分析原理与操作(下) 46:03 KEGG经典通路——PI3K-AKT通路专题解析 54:1505:07 06小鼠富集分析KEGG+GO 生信分析666 2011 2 26:10 单基因GO+KEGG富集分析 生信交流平台 5885 0 06:52 5.差异代谢物KEGG富集分析 起名字容易暴露年龄 1.8万 2 37:57 KEG...