基因组测序已经表明,大部分指定核心生物学功能的基因是所有真核生物共有的。这种共享蛋白质在一个有机体中的生物作用的知识,往往可以转移到其他有机体。基因本体论联盟的目标是产生一个动态的、可控的词汇表,可以应用于所有真核生物,即使基因和蛋白质在细胞中作用的知识正在积累和变化。为此,可以在全世界的Web上访问...
Most gene enrichment websites out there only allow you to find enrichments for popular model organisms using pre-established gene ontology annotations. I ran into this problem early on during my phd when confronted with having to generate enrichment data onSchmidtea mediterranea. Software and inputs...
Batch Singular Enrichment Analysis (SEA)の使い方はweb manualを参照してください。 http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/manual.php 引用 agriGO v2.0: a GO analysis toolkit for the agricultural community, 2017 update Tian Tian, Yue Liu, Hengyu Yan, Qi You, Xin Yi, Zhou Du, Wenying Xu...
Gene enrichment results carried out using the Gene Ontology (GO) enrichment analysis web-based bioinformatics tool WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit (WebGestalt).Allione, AlessandraMarcon, FrancescaFiorito, GiovanniGuarrera, Simo...
5、GO Enrichment Analysis GO的主要用途之一是对基因集进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因集的注释发现哪些GO术语被过度表达(或未被充分表达)。 背景频率是在整个背景集中注释到GO项的基因数量,而样本频率是输入列表中注释到GO项的基因数量。例如,如果输入列表包含10基因和生物...
GO 术语和注释使用了多种不同的工具软件,它们都可以在web方式的“GO 浏览器”下“GO software page”中找到。大多数GO浏览器都是web模式的,允许你直观的看到术语和其相关信息,如定义、同义词和数据库参考等。有些GO浏览器如AmiGO和 QuickGO,可以看到每个术语的注释。而可下载的DAG-Edit编辑器,一样可以离线地显...
GSEA:基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) ,其基本思想是使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。基因集合富集分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化,因此可以包含这些细微...
Gene ontology (GO) enrichment analysis for up- and down-regulated genes. 来自 figshare.com 喜欢 0 阅读量: 226 作者: AP Catalina 展开 年份: 2016 收藏 引用 批量引用 报错 分享 全部来源 求助全文 figshare.com 通过文献互助平台发起求助,成功后即可免费获取论文全文。 请先登入 我们已与...
metascape是一个web工具,提供了基因富集分析,蛋白质互作网络分析等多种功能,对应的文章发表在nature communications上, 链接如下 https://www.nature.com...index.html#/main/step1 该网站集成了40多个基因功能注释数据库,并且提供了多样化的可视化方式,对于生物学家而言,通过该网站可以轻松的对基因功能进行探索和分析...
除了这个核⼼知识库之外，GOC资源还包括对本体进⾏编辑和逻辑推理的软件、对本体和注释的web访问以及使⽤GO知识库⽀持⽣物医学研究的分析⼯具。基因本体论和注释的使⽤：基因本体论注释最常⽤来解释⼤规模的分⼦⽣物学实验，有时也称为“组学”实验。这些实验测量的要么是基因产物(RNA和蛋⽩质...