目前已经建立了三大独立的本体论词汇表:生物过程(biological process)、细胞组分(cellular component)和分子功能(molecular function)。这三大本体论词条下面又可以独立出不同的亚层次,以“有向无环图(directed acyclic graphs)”的方式层层向下,将每一个本体论词条串联起来形成树状结构。将GO词条分配给基因序列的行为即GO...
GO(Gene Ontology)是一个标准化的词汇表,用于描述基因和基因产物的属性。它分为三个主要的本体:生物过程(Biological Process)、细胞组分(Cellular Component)和分子功能(Molecular Function)。通过GO分析,研究人员可以对基因进行功能注释,了解其在不同生物过程中的作用。例如,在研究某一疾病时,可以通过GO分析找出与疾病...
GO:0003674 Pg_S3686.2 molecular_function ... ... ... go2name.tsv:GO term对应的功能描述文件 首先需要去GO下载GO的obo文件,这里我使用go-basic.obo然后我写了个脚本可以把obo文件解析为如下格式: http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo GO DESC CLASS GO:0000001 mitochondrion inheritance bi...
利用 agriGO 网络服务进行 GO 富集分析 利用agriGO网络服务进行GO富集分析 苏震，徐文英，杜舟，周鑫1.分析目的 随着生命科学的发展，越来越多的基因功能被实验验证或者预测推导，但如何规范地注释这些基因是一个难题。基因本体论（Gene Ontology，GO）是一个在生物信息学领域中广泛使用的本体，应用于基因的功能注释和...
Pg_S3686.2GO:0003674molecular_function KOannotation.tsv Gene KO pathway decription Pg_S6540.1K05907 map00920 Sulfur metabolism Pg_S6540.1K05907 map01100 Metabolic pathways 富集分析 利用clusterProfiler中的enricher这个通用函数进行富集 library(clusterProfiler)KOannotation<-read.delim("D:/RProject/MedicalPlant...