GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如 GO: nnnnnnn,还有一个term名,比如 "cell", "fibroblast growth factor receptor binding",或者 "signal transduction"。每个term都属于一个ontology,总共有三个ontology,它们分别是molecular function,cellular component和biological process。 1. GO的三个层面内容 Ce...
for (id in GO_enrich_analysis_data$ID){ if (is.na(GO_enrich_analysis_data[id,"Description"])){ GO_enrich_analysis_data[id,"Class"]<-"NA" } else{ GO_enrich_analysis_data[id,"Class"]<-GO_Description$Class[GO_Description$GO_ID==id] } } #绘制气泡图 dotplot(GO_enrich_analysis,sh...
if (is.na(GO_enrich_analysis_data[id,"Description"])){ GO_enrich_analysis_data[id,"Class"]<-"NA" } else{ GO_enrich_analysis_data[id,"Class"]<-GO_Description$Class[GO_Description$GO_ID==id] } } #绘制气泡图 dotplot(GO_enrich_analysis,showCategory = 10) pdf("GOenrich_dotplot.pdf...
2.1 我选择 diamond 方法注释 $ mkdir enrich_analysis $ cd enrich_analysis $ python3~/bin/software/eggnog-mapper/emapper.py-i../Arabidopsis_thaliana.pep.fa--cpu20-m diamond-o pep.diamond--output_dir.$ ls-lh total26M-rw-rw-r--1shwzhao shwzhao18MJul1520:01pep.diamond.emapper.annotations...
gene expression distribution --->control VS treatment ---> DEG ---> GO enrichment analysis 也就是RNA-Seq先测出各组的基因表达分布:通过比较 control 和 treatment 得到差异表达基因再去做GO富集分析:用找到的差异基因去做GO富集分析,希望能从这三方面找到和我们背景不一样的地方。
如下图示,点击start analysis; 2:上传数据 出现下图所示页面,步骤进行: 点击上传后,会弹出下图所示的一个对话框,点击确定即可。 3:分析数据 出现以下界面,然后,在新界面里第一步点击clean all,第二步选择GO ONTOLOGY and PATHWAY 对应的前方+的下拉框。
如下图示,点击start analysis; 2:上传数据 出现下图所示页面,步骤进行: 点击上传后,会弹出下图所示的一个对话框,点击确定即可。 3:分析数据 出现以下界面,然后,在新界面里第一步点击clean all,第二步选择GO ONTOLOGY and PATHWAY 对应的前方+的下拉框。
英文:GO/KEGG analysis of a dataset. The GO terms included biological processes, cellular components, and molecular functions. Notably, the top hit in both GO and KEGG related to extracellular matrix proteins. 中文:一个数据集的GO/KEGG富集分析。GO条目包括生物过程、细胞成分...
分子功能(Molecular Function):该基因具体执行什么功能。 基于GO数据库筛选出代表目标基因群显著的、准确的、靶向的基因功能的方法就称为GO Analysis。做GO Analysis的目的就是发现目标基因所带性状的最重要功能,发现同一基因在这种性状里发挥的主要功能或者非主...
基因本体论富集分析(Gene Ontology Enrichment Analysis):这是最常用的富集分析类型,用于检验基因集合中基因本体论(GO)条目的富集情况。这可以帮助研究者了解基因集合中的基因在生物学过程、分子功能和细胞组成方面的共同特征。 通路富集分析(Pathway Enrichment Analysis):这种类型的富集分析主要关注基因在代谢途径和信号传导...