KEGG是一个数据库资源,提供了关于细胞代谢、生物合成、疾病等过程的详细信息。KEGG富集分析可以帮助我们理解差异基因在已知的代谢和信号转导通路中的位置和作用。 结果图解读📈 图1:GO barplot(GO条形图) 图2:GO dotplot(GO点图) 图3:GO circ(GO环形图) 图4:KEGG barplot(KEGG条形图) 图5:KEGG dotplot(K...
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是一个常用的通路研究数据库,涵盖了新陈代谢、遗传信息加工、环境信息加工、细胞过程、生物体系统、人类疾病以及药物开发等多个方面的通路信息。KEGG通路富集分析方法与GO富集相似,也是通过Fisher精确检验来分析各个通路的显著性水平,从而确定受到显著影响的代谢和信号转导...
3、查看富集分析结果的条目数,并保存文件 ① nrow(kegg):查看 KEGG 富集结果中有多少个条目。这将返回富集结果的通路数量。 4、绘制 KEGG 条形图 ① pdf(file = "fig4.KEGG_barplot.pdf", width = 6.8, height = 7.2):在生成一个 PDF 文件来保存图形,图形的宽度和高度分别为 6.8 和 7.2。 ② barplot(...
KEGG下属4个大类和17和子数据库,而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway,专门存储不同物种中基因通路的信息,也是用的最多的一个,所以,久而久之,KEGG就被大家当做是一个通路数据库了。以下图为例,我们分别用GO的三大分类和KEGG Pathway中的实例向大家展示GO和KEGG在各自数据库中本来的样子。 03 如何做功能富集分析...
(2)KEGG富集分析京都基因与基因组百科全书(KEGG)是了解高级功能和生物系统(如细胞、生物和生态系统)、用于研究通路的数据库之一。KEGG 通路分析是借助 KEGG 数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes),对所有鉴定到的基因进行通路注释,并分析这些基因参与的主要代谢和信号转导途径。
单基因GO+KEGG富集分析 2)共表达,找到与候选基因共表达的其他基因,然和再拿这些基因去做富集分析。当然这里的共表达可以用最朴素的相关性值来衡量,比如相关系数>0.8或者<-0.8。当然也可以使用更高级一点的WGCNA分析,找个候选基因的共表达模块,然后把整个模块中的基因拿去做富集分析。 基于GEO数据的WGCNA分析 接下来...
通过KEGG富集分析,我们可以了解这些差异基因在网络中的位置和作用。 结果图解读📈最后,我们来聊聊结果图的解读。通常,富集分析的结果会用柱状图、饼图等形式展示出来。这些图表会显示差异基因在不同GO或KEGG分类中的分布情况。通过观察这些图表,我们可以直观地了解这些差异基因的主要功能或通路。
本期内容将以KEGG富集分析举例来说明:1)富集分析的概念 2)富集分析的原理和 3)富集分析结果可视化。 What is Enrichment Analysis? 富集分析(Enrichment Analysis)是一种用于分析高通量实验数据的方法,通常用于理解基因集合或其他生物学实体在给定实验条件下的功能、通路或特定生物学过程的富集程度。富集分析的目标是确定...
除此之外,我们也可以直接选择查看感兴趣的pathway map,如果目的基因文件包含差异基因信息也会在KEGG富集分析的pathway map上体现,如下图,红色表示上调,绿色表示下调。 在网络图编辑窗口中,我们可以对网络图的结点、边进行个性化调整,如下图,比如我们可以对网络图边和节点的样式进行调整。