GO(Gene Ontology)和KEGG是两个基于不同分类思想的基因功能数据库。GO数据库将基因功能分为三个部分:细胞组分(CC)、分子功能(MF)和生物过程(BP)。通过GO数据库,我们可以了解目标基因主要与哪些功能相关。例如,SRSF1基因。而KEGG数据库则关注基因参与的人体通路。除了对基因功能的注释,KEGG还提供了基于人体通路的数据...
1.理解研究背景和目标: 在开始富集分析之前,首先要明确你的研究目标和假设。了解你想要探究的生物过程、疾病或条件,以帮助你识别出最相关的通路。 2.进行GO和KEGG富集分析: 使用适合你的实验数据的生物信息学工具进行GO和KEGG富集分析。这些分析将识别出在你的实验条件下显著上调或下调的基因集合中富集的生物学过程、...
前面的课程中,我们学习了GO/KEGG功能富集分析的操作步骤,并给大家演示了如果使用R语言绘制高级气泡图。之后,同学们都非常积极地拿着代码在自己的电脑上进行操作,基本也能够顺利完成,但也有一些同学可能对R或者RStudio的操作还不是很熟悉,遇到一些R包和Rstudio操作的问题。 而猎豹师兄我,作为晚期重度强迫症患者,是坚...
KEGG富集分析结果 2)挑出自己感兴趣的GO条目或者KEGG通路 这一步又有两种方法,第一种是做加法,从完整的结果里面挑出感兴趣的结果,一般GO展示30条结果,MF,CC,BP各10条。KEGG一般展示10条结果。这样工作量比较小。另外一种方法是做减法,从完整结果里面删除不要的条目和通路。这里可以根据自己的喜好选择。确保挑选出...
go和kegg通路富集分析视频教程 go和kegg富集分析函数构建 go_kegg_enrich if(!dir.exists( save.dir)){ dir.create( save.dir,recursive=T) #如果save.dir路径不存在,就创建该路径 } #keytypes( org.Hs.eg.db) #查看org.Hs.eg.db数据库中各种数据类型 ...
今天在做富集分析的时候遇到下面的一个报错: wrong orderBy parameter; set to default orderBy = "x"Error in DOS...
结合生物学知识：根据筛选出的GO术语和KEGG通路，结合生物学知识和文献，进一步分析基因的生物学意义和相互...
GO分析和KEGG通路富集分析 核心提示:2.5GO分析和KEGG通路富集分析利用R语言的Cluster Profiler软件执行GO和KEGG,共富集并排列了2430条路径,其中KEGG有170条路径,表1显示了前10条路径。 2.5GO分析和KEGG通路富集分析 利用R语言的Cluster Profiler软件执行GO和KEGG,共富集并排列了2430条路径,其中KEGG有170条路径,表1显示...
横坐标代表生物学功能,纵坐标代表富集分析得分数值;2B.下调差异基因的BP、CC和MF三合一条形图的GO功能富集图,其中横坐标代表生物学功能,纵坐标代表富集分析得分数值;2C.上调DEG的富集气泡图,其中横坐标代表富集分析得分,纵坐标代表信号通路分类;2D.下调DEG的富集气泡图,其中横坐标代表富集分析得分,纵坐标代表信号通路...
中国科技论文统计源期刊 中国科技核心期刊 GO功能注释和KEGG通路富集分析 2A.GO功能注释;2B.KEGG通路富集分析;2C.药靶基因参与坏死性凋亡相关通路 2024, 24(9): 751-759. 虫草素调控受体相互作用蛋白激酶1介导的凋亡改善缺氧/复氧诱导的人肾小管上皮细胞损伤 ....