一般进行富集分析的GO数据是来源于R的org.db包,但是org.db里面并没有GO通路的父子通路的数据,如果拿到这个数据,也可以用于进一步展示显著通路的子通路(有别于DAG是展示父通路)。 获得GO的父子通路数据 查看goplot的源码enrichplot:::goplot.enrichResult,根据GOSemSim_initial函数的源码,可以确定这个GO父子通路关系数...
KEGG富集分析结果 2)挑出自己感兴趣的GO条目或者KEGG通路 这一步又有两种方法,第一种是做加法,从完整的结果里面挑出感兴趣的结果,一般GO展示30条结果,MF,CC,BP各10条。KEGG一般展示10条结果。这样工作量比较小。另外一种方法是做减法,从完整结果里面删除不要的条目和通路。这里可以根据自己的喜好选择。确保挑选出...
此外,富集分析条形图、气泡图等也可以自定义调整,纵坐标对应显著富集的通路,横坐标对应Qvalue对数值。富集圈图(含上下调基因信息)也是用户喜欢的图表之一,由外向内,第1圈为GO id(或pathway id)标签,第2圈的条形长度对应背景基因数,颜色的深浅对应显著程度,即Pvalue(或Qvalue);第3圈对应目的基因数;第4圈(极坐...
✅构建药物 - 靶点 - 疾病网络:用 Cytoscape 软件,直观展示关系,分析关键节点与模块。✅网络分析与功能富集:DAVID 等工具对靶点基因 GO、KEGG 富集分析,明确机制通路。最后给大家精心整理了超实用的网络药理学合集指南,分享给大家～#医学科研#医学博士#医学sci#网络药理学 #网络药理学#生信分析#生信分析...
KEGG富集分析结果 2)挑出自己感兴趣的GO条目或者KEGG通路 这一步又有两种方法,第一种是做加法,从完整的结果里面挑出感兴趣的结果,一般GO展示30条结果,MF,CC,BP各10条。KEGG一般展示10条结果。这样工作量比较小。另外一种方法是做减法,从完整结果里面删除不要的条目和通路。这里可以根据自己的喜好选择。确保挑选出...
KEGG富集分析结果 2)挑出自己感兴趣的GO条目或者KEGG通路 这一步又有两种方法,第一种是做加法,从完整的结果里面挑出感兴趣的结果,一般GO展示30条结果,MF,CC,BP各10条。KEGG一般展示10条结果。这样工作量比较小。另外一种方法是做减法,从完整结果里面删除不要的条目和通路。这里可以根据自己的喜好选择。确保挑选出...
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