如上图,左侧是常规气泡图;右侧是桑基气泡图。 右侧图中,左边桑基图展示了基因隶属于哪个富集通路,右边气泡图展示了富集通路的Gene.Ratio(X轴),富集条目(Y轴),基因数(气泡大小),p值(颜色)。在传统4个维度的基础上,额外添加了一个基因维度,更加清晰地展示了KEGG通路富集分析结果。 1,打开作图URL https://www...
富集通路常用的展示方式就是柱状图,之前我们已经做过很多种了,这里我们展示一种,将通路名称加在柱子上,这样展示的一个好处就是节约地方。 setwd("D:/KS项目/公众号文章/富集柱状图文字添加到柱子上") …
最近很多博主捅了这篇Nature文章的窝了,它的富集分析展示很好,我们这里也复现一下(群主真容像彭于晏)。这个图展示的很有特色,不仅展示了通路,就和我们之前展示的一样(富集分析柱状图大集合:通路展示在柱子上)。重要的一点是还展示了通路基因,那么在实际应用中,可以展示自己关注的通路,基因可以展示那些重要的基因即可。
kegg富集的结果默认是按照pValue值展示前几条的通路 如 代码语言:r 复制 #绘制前10条通路p1<-barplot(kk,showCategory=10) 那如何在途中展示特定的通路呢,则需要我们提前对KEGG的结果进行筛选 注:示例数据,无意义 代码语言:r 复制 rm(list=ls())load(file='step1.Rdata')#2.3 pathway---library(patchwork)...
clusterProler包可以进行富集分析和可视化,对于富集结果它有一个goplot的绘图类型,用于绘制显著富集通路的有向无环图(DAG)。如下图所示的一个goplot是根据clusterProfiler的自带数据绘制,goplot可以展示富集通路的父通路,并最终定位到了cellular_component(CC)上(这是自然,因为就是进行的CC通路富集)。
右侧的图中，左侧的桑基图描绘了基因与富集通路之间的联系，右侧的气泡图则展示了富集通路的Gene.Ratio（X轴）、富集条目（Y轴）、基因数（气泡大小）以及p值（颜色）。与传统气泡图相比，升级版的桑基气泡图新增了一个基因维度，使得KEGG通路富集分析结果的展示更为清晰。接下来，将逐步介绍升级版桑基...
干货分享,GSEA通路富集图分析要怎么看?一、统计显著性 ①图中展示了在药物处理条件下血液基质代谢基因集的富集分析,其中绿色曲线反映了富集得分的变化趋势。 ②根据结果,NES值为2.43,表明在药物处理组中血液基质代谢基因集呈现显著正向 - 嘉嘉搞科研于20241203发布在
KEGG富集通路网络图展示软件是由武汉贝纳医学科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1603813,属于分类,想要查询更多关于KEGG富集通路网络图展示软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
基因和代谢物通路机制图该怎么画?🧑🏻💻当我们做完差异代谢物和差异基因KEGG富集分析的时候,该如何研究两组学共同参与的通路机制呢?这就是我们今天要讲的通路机制图可视化,联合logFC值的变化+基因/代谢的调控关系,可以更好的探究组学 - 科研小怪兽儿于202405
第六步:选择感兴趣的通路 点击导入的数据,即可将差异基因展示到通路图中,上调为红色,下调为蓝色,后续选择导出图片即可; 图片就这么做出来了,有没有点小兴奋、小激动,小编此次介绍的只是此神器的部分功能,其他功能就靠大家自己试试了(小按钮任意点,是不会被按坏的)。