在mdp中冻结了固体相，跑完的轨迹胡乱连键（如图1），用gmx trjconv命令接-pbc nojump保持连续性，再...
1 如果一开始离子液体是分散的，到后来才聚集到一起，用这个命令去处理轨迹的靠后部分，看能否得到聚集...
发布不久便有读者留言,希望我们出一期GROMACS结合自由能计算教程。应读者要求,我们今天就来介绍如何使用gmx_MMPBSA程序为GROMACS动力学轨迹计算MM/PBSA结合自由能。 值得一提的是,殷赋云平台(https://cloud.yinfotek.com)早已上线Amber分子动力学...
1、科研笔记1:Gromacs安装以前跑MD都是用NAMD软件包,今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装方法,其实大部分都已经过时,这里专述一文,帮助大家入门。第一步:下载最新版本的Gromacs软件包,比如2014.4.3最新正式版本是gromacs-4.6.5.tar.gz。注意:由于4.6.x及其以上版本和4.5.x及其以下版本...
gmxtools是GROMACS提供的一系列命令行工具,用于处理和分析MD模拟数据。 以下是一些常用的gmxtools工具: 1. gmx pdbconversion:将PDB文件转换为GROMACS可以识别的格式。 2. gmx gromos:读取和写入GROMACS的gromos文件,用于存储蛋白质结构信息。 3. gmx trjconv:将GROMACS的trj格式转换为PDB格式。 4. gmx pdbviewer:...
gmx的edifconf是GROMACS工具包中处理结构文件和拓扑文件的一个实用命令，主要用于合并、调整或生成分子动力学模拟所需的初始结构。这个命令在构建复杂体系或处理多组分系统时特别有用，尤其在需要将不同分子组合成一个完整模拟体系的情况下，能帮助用户快速完成结构整合和基本参数设置。下面从功能、使用方法、常见应用场景...
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/ions.这时候em.mdp(参数文件)、CO2-spce.gro(坐标文件)以及topol_spce.top(拓扑文件)三个结合生成一个二进制文件em.tpr。粗浅来看,这是我认为Gromacs比NAMD厉害的地方。运算由于读取二进制文件,所以速度极快。然后就开始运...
而是你需要对你的轨迹做，特定处理的时候使用而已，转换格式，减少帧，提取部分轨迹，提取部分组，叠合...
Command line:gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o prod_whole.xtc -pbc mol Will write xtc: ...
Bug summary Hi, I am trying to calculate the mmpbsa between a protein and peptide. I used gromacs2023.02 and the pbc was removed from the trajectory. But since the version of gmx_MMPBSA is compatible with Gromacs2020, md_2020.tpr was reg...