gmxgenrestr- 生成索引组的位置限制或距离限制 gmxpdb2gmx- 将 PDB 坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件 1.2 文件转换 gmxeditconf- 转换和操控结构文件 gmxeneconv - 转换能量文件 gmxsigeps- 将 C6/12 或 C6/Cn 组合转换为 sigma/epsilon 组合, 或反过来 gmxtrjcat- 连接轨迹文件 gmxtrjconv- 转换和...
trjconv="$gmx trjconv -dt 1000" # gmx trjconv, use -b -e -dt, NOT -skip apbs='/home...
1 用比如gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -o 3000ps.gro -dump 3000，就可以提取最接近3000ps...
echo“q” | gmx make_ndx-fXXXX_peptide.gro-oXXXX_peptide_index.ndx 现在我们可以对我们新生成的轨迹进行截断, 使用trjconv去除前10 ns. -b选项设定要创建的新xtc文件的开始时间, 单位为ps, 这意味着我们需要新文件从10 ps开始. -dt选项指定我们要保留的时间精度. 当提示选择时, 选择Protein来生成xtc文件...
other formats have fixed precision..trroutput can be single or double precision, depending on the precision of thegmxtrjconvbinary. Note that velocities are only supported in.trr,.tng,.groand.g96files. Option-sepcan be used to write every frame to a separate.gro,.g96or.pdbfile. By ...
[DEBUG ] Running command: echo -e "1"| /usr/local/gromacs/bin/gmx trjconv -f md_fit.xtc -s MD.tpr -o _GMXMMPBSA_REC.pdb -n _GMXMMPBSA_COM_index.ndx -dump 0 [DEBUG ] :-) GROMACS - gmx trjconv, 2024 (-: [DEBUG ]
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第一步处理轨迹:gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o md_pbcwhole.xtc -pbc whole ,输出选0 System,得到的轨迹是whole的,二聚体在溶液中自由游走 第二步:选择一个二聚体中心的原子 gmx_mpi trjconv -f md_pbcwhole.xtc -s md.tpr -o md_pbcwhole_atom.xtc -pbc atom -center -n index....
gmxtrjconv-ftraj_concat_10-50ns-highresolution.xtc-sXXXX_peptide.gro-dump45000-orepresentative_45000ps.pdb 在PyMOL中打开代表性结构以及结合结构, 并比较二者. 其他分析 盐桥 除了氢键之外, 蛋白质不同的带电残基之间也常形成盐桥. 它对蛋白质的结构起着重要的稳定作用, 尤其是当它们处于憎水环境中时, 例...
my_tool.c: In function ‘gmx_trjconv’: my_tool.c:622: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘bAppend’ my_tool.c:622: error: ‘bAppend’ undeclared (first use in this function) my_tool.c:622: error: ‘bSeparate’ undeclared (first use ...