示例（local）：mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx ...
gmx_mpi make_ndx -f ../$conf -o index.ndx < np.inp if [ $mn == 'a' ]; then cp /...
指令是:make_ndx-fnvt.gro-oindex.ndx 最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。 指令为:g_msd-fnvt_noPBC.xtc-snvt.tpr-n -omsd.xvg 也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的东西。因此我使用过...
指令是:make_ndx-fnvt.gro-oindex.ndx 最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。 指令为:g_msd-fnvt_noPBC.xtc-snvt.tpr-n -omsd.xvg 也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的东西。因此我使用过...
mpirun -np 10 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa1.in -cs md_2020.tpr -ci md.ndx -cg 17 18 -ct md.xtc -cp complex.top However, it gives me the following error MMPBSA_Error: /share/apps/gpu_gromacs/bin/gmx trjconv failed when querying md_C2.xtc ...
[DEBUG ] Running command: echo -e "name 1 GMXMMPBSA_REC\n name 13 GMXMMPBSA_LIG\n 1 | 13\n q\n" | /usr/local/gromacs/bin/gmx make_ndx -n index.ndx -o _GMXMMPBSA_COM_index.ndx -f MD.tpr [DEBUG ] :-) GROMACS - gmx make_ndx, 2024 (-: ...
指令是: make_ndx -f nvt.gro -o index.ndx最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。指令为:g_msd -f nvt_noPBC.xtc -s nvt.tpr -n -o msd.xvg也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的 21、...
mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md_50.tpr -ci index_0615.ndx -cg 20 19 -ct mono28_0614.xtc -cp mono28_0615.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv 结果分析 具体的解析参考官网outfiles部分的说明。
gmx_mpi cluster -f md_*_mol.xtc -s md_*.tpr -method gromos -o rmsd-clust_*.xpm -g cluster_*.log -dist rmsd-dist_*.xvg -cutoff 0.3 -clid clust-id_*.xvg -cl clusters_*.pdb -tu ns 输出: 1. rmsd-clust_*.xpm (重要)可以通过对比不同的xpm文件,看到蛋白质dynamics的差异。例如nati...
很考站:参网http://.gromacs/Downloads第二步:记行安按照以下指令:装tarxfzgromacs-4.6.5.tar.gzcdgromacs-4.6.5mkdirbuildcdbuildcmake..-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ONmakesudomakeinstall考记料:参http://.gromacs/Documentation/Installation_Instructions第三步:添加记境记量在我的文件记里,比如记home/chenqu(...