1.conda activate gmxMMPBSA 2.从官网下载env.yml文件执行，conda env create -n gmxMMPBSA --file ...
conda env create -n gmxMMPBSA --file env.yml 进行一波下载……完成后输入 conda activate gmxMMPBSA 这样就进入了gmxMMPBSA的虚拟环境,在这里,要下载先前被删去的第16行:ParmED,这个库在一般的资源库里没有(比如清华镜像),需要用作者自己写的。因为墙的缘故,用git不方便,访问ParmED地址,下载zip文件,并将其...
前面我们介绍了李继存老师开发的用于计算GROMACS模拟轨迹中MMPBSA的脚本——gmx_mmpbsa.sh。有趣的是,还有一款同名工具gmx_MMPBSA,其功能更为强大。它搭建了GROMACS与AMBER分析模块之间的桥梁,支持用户计算MMPBSA和MMGBSA。就我个人而言,我更喜欢使用MMGBSA,因为它不仅计算速度更快,而且出现异常值的概率也比MMPBSA更低。
2.从gmxMMPBSA官网下载env.yml，在终端输入conda env create -n gmxMMPBSA --file env.yml 运行完成...
gmx_MMPBSA install 参考https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/ mpi4py和cupy的联合应用(anaconda环境):GPU-aware MPI + Python GPU arrays - Angry_Panda - 博客园 (cnblogs.com) 💬 Create a new environment and activate it...
gmx_MMPBSA is a new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files. It works with all GROMACS versions along with AmberTools >= 20. Please see the documentationhere Cite us
gmx_MMPBSA is rapidly becoming one of the main programs to perform end-point free energy calculations out there (~29k downloads so far). We are currently focused on optimizing the program, supporting new types of calculations, force fields, etc. However, the video tutorials are not that ...
gmx_MMPBSA --create gb pb decomp 该文件列出了GB、PB方法做结合自由能计算和能量分解的所有参数,具体含义请见官方网站【9】。大部分情况下默认参数就够用了,只有少量需要修改。这里给一个精简版的mmpbsa.in文件: # General namelist varia...
gmx_MMPBSA.py的使用说明如下：一、程序简介 gmx_MMPBSA.py是一个用于计算终态自由能的工具，它基于AMBER的MMPBSA.py进行开发。该程序能够通过&decomp进行残疾解构，进而分析残基对能量的贡献。二、分析自由能各项能量的意义 范德华能量项：描述分子间非键相互作用的能量部分。静电能量项：描述分子间电荷...
运行 gmx_MMPBSA -i mmpbsa_pb.in -cs md1.tpr -ct traj_centered.xtc -ci index.ndx -cg 4...