conda activate gmxMMPBSA 在conda的gmxMMPBSA环境下计算MMPBSA,这一步计算需要耗费较长时间。 mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md_50.tpr -ci index_0615.ndx -cg 20 19 -ct mono28_0614.xtc -cp mono28_0615.top -o FINAL
1.conda activate gmxMMPBSA 2.从官网下载env.yml文件执行，conda env create -n gmxMMPBSA --file ...
安装完成之后激活环境,此时差一个gmx-mmbsa,去PyPi下载离线的包,gmx_MMPBSA-1.6.3-py3-none-any....
关于gmxMMPBSA安装的4种方法(仅展示), 视频播放量 385、弹幕量 0、点赞数 5、投硬币枚数 4、收藏人数 9、转发人数 2, 视频作者 邱新龙-凯算计算, 作者简介 ,相关视频:推荐给各位gromacs初学者非常有用的网站,关于gromacs出现top和gro文件数量不匹配的讲解,gromacs初学
下面要用到的env.yml文件下载地址: valdes-tresanco-ms.github.ioconda env create --file env.yml conda activate gmxMMPBSA python -m pip install gmx_MMPBSA 验证是否安装成功:gmx_MMPBSA --help 返回结果如下则表明安装成功: 4.运行 准备MMGBSA计算的参数文件mmgbsa.in: 蛋白-蛋白体系:&general sys_...
gmx_MMPBSA install 参考https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/ mpi4py和cupy的联合应用(anaconda环境):GPU-aware MPI + Python GPU arrays - Angry_Panda - 博客园 (cnblogs.com) 💬 Create a new environment and activate it...
conda create -n gmx_mmpbsa python=3.9 -y -q 并激活环境: conda activate gmx_mmpbsa 然后执行以下命令安装gmx_MMPBSA的最新版本: conda install -c conda-forge gmx_mmpbsa -y 文件准备 在使用gmx_MMPBSA程序进行MM/PBSA结合自由能...
Bug summary Running the following command for using "Prot-Lig-CHARMM" system mmpbsa.in file gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs MD.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md_fit.xtc -cp topol.top but didn't successfully run. ###...
gmx_MMPBSA_ana is a simple but powerful analysis tool. It is mainly focused on providing a fast, easy and efficient access to different graphics and analyze gmx_MMPBSA results (Figure 1). In this version, gmx_MMPBSA_ana includes a number of options to customize graphs and save high-...
1.安装anaconda,版本是anaconda3-2024.02-1 2.从gmxMMPBSA官网下载env.yml，在终端输入conda env ...