gromacs命令测试1-gmx make_ndx建立索引 关于大家对理论基础的不感兴趣 以及只想关心软件操作命令 那么后期有时间会将软件操作命令陆续测试发出 如有愿意也可一同参加 整理内容看参与者心情 希望大家帮忙转发及分享 后续该资料加微信并转发领取 资料都是免费的...
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先用make_ndx 做个有环糊精组的index.ndx文件，之后rms时-n index.ndx 再选那一组。不用再模拟，...
这一小段多肽是作为Protein_chain_B与受体蛋白作为一个整体进行的模拟，但是在使用gmx make_ndx指令进行...
1. 建模和计算操作命令: 1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 ...
# 生成蛋白配体复合物的索引组,选择将蛋白配体组合起来成为一个新的组 gmx make_ndx -f md.tpr -o prolig.ndx # 从整体轨迹中抽提出复合物的轨迹,选择新生成的蛋白配体复合物 gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n prolig.ndx -o prolig.xtc # 生成只包含复合物的tpr文件,选择复合物组 gmx convert...
echo“q” | gmx make_ndx-fXXXX_peptide.gro-oXXXX_peptide_index.ndx 现在我们可以对我们新生成的轨迹进行截断, 使用trjconv去除前10 ns. -b选项设定要创建的新xtc文件的开始时间, 单位为ps, 这意味着我们需要新文件从10 ps开始. -dt选项指定我们要保留的时间精度. 当提示选择时, 选择Protein来生成xtc文件...
指令是: make_ndx -f nvt.gro -o index.ndx最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。指令为:g_msd -f nvt_noPBC.xtc -s nvt.tpr -n -o msd.xvg也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的 21、...
指令是:make_ndx-fnvt.gro-oindex.ndx 最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。 指令为:g_msd-fnvt_noPBC.xtc-snvt.tpr-n -omsd.xvg 也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的东西。因此我使用过...
Bug summary Here is my test system: MMPBSA_test.zip My PDB file contains two chains (Chain A and Chain B). I'm attempting to compute the PB energy and energy decomposition between Chain A and Chain B. I utilized 'gmx make_ndx' to generat...