18 先确保当前轨迹就是完整的，诸如用VMD载入、用gmx check查看，并且注意看gmx gyrate的提示。轨迹是...
模拟的是表面活性剂的自组装，包括离子液，表面活性剂，CO2，想计算如下图(截取于一篇文献)所示聚团的...
1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引...
注意, 你必须根据自己的多肽替换上面命令中的数字. 根据氢键分析, 你的多肽在模拟过程中是否形成类似β发卡的构象? 2. 二级结构 判定蛋白结构的最常用参数是指定二级结构元素, 如α螺旋, β片层. 能提供这一信息的一个程序是dssp, 但前提是你的电脑已经安装了dssp程序. 此程序并不是GROMACS发行的一部分, 但能...
第四部分分子动力学模拟数据的分析(二)结构分析:构象派生的性质说明:当提示选择时,如果教程没有明确说明如何选择,或者没有遵循教程自身的逻辑,请选择蛋白Prote
06 显然这只会计算蛋白质部分 把蛋白质和配体合并成一个索引组，再选它才是对复合物算的 老师，如果...