先确保当前轨迹就是完整的，诸如用VMD载入、用gmx check查看，并且注意看gmx gyrate的提示。轨迹是完整的...
gmxgyrate-ftraj_concat_10-50ns-highresolution.xtc-sXXXX_peptide.gro-org-concatenated_traj.xvg 为计算相对于平均结构的RMSD, 首先必须重新计算整条轨迹的平均结构. 再次使用rmsf命令生成平均结构(-ox选项), 然后使用平均结构做参考, 利用rms计算RMSD, 方法如前. 当提示时, 对叠合和计算都选择蛋白Protein组. ...
gmxgyrate-ftraj.xtc-stopol.tpr-oradius-of-gyration.xvg 查看回旋半径及其分量, 注意这些值如何达到平衡值. 回旋半径收敛了么? 如果是, 什么时候收敛, 收敛值为多少? 不同多肽模拟给出的回旋半径其涨落行为是否类似, 为什么? 你能将回旋半径的涨落与周期性映像的最小距离联系起来么? 3.4 均方根波动 除了能量...
1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引...
gmx gyrate -s md.tpr -f md.xtc -o gyrate.xvg，选择system，得到Rg?如果不是，请问怎么计算...
gmxgyrate-ftraj_concat_10-50ns-highresolution.xtc-sXXXX_peptide.gro-org-concatenated_traj.xvg 为计算相对于平均结构的RMSD, 首先必须重新计算整条轨迹的平均结构. 再次使用rmsf命令生成平均结构(-ox选项), 然后使用平均结构做参考, 利用rms计算RMSD, 方法如前. 当提示时, 对叠合和计算都选择蛋白Protein组. ...
并在之后的nvt、npt预平衡及模拟运行过程通过-n index选项进行了引入，这样如果要通过gmx gyrate计算复合...