我模拟体系的蛋白质是多条肽链的聚合物，在运行gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p ...
各位老师，本人在运行grompp命令gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -o ions.tpr -p protein.top时...
gmx grompp -f md_cutoff.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_cutoff.tpr -maxwarn 1 gmx mdrun -s md_cutoff.tpr -rerun md.xtc -e prolig.edr # 生成能量数据:选择LJ-SR和Coulomb-SR gmx energy -f prolig.edr -o energy_results.xvg 我之前直接rerun主体模拟轨...
文件下载地址:/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/nvt.mdp.指令照旧:grompp -f nvt.mdp -p topol_spce.top -c npt.gro -o nvt.tprmdrun -v -deffnm nvt第九步:分析数据。我们需要计算CO2的扩散系数。首先,我们需要将周期性边界条件进行unfolding,因为粒子很有可能会跑到盒子 20、外面去,...
grompp -f nvt.mdp -p topol_spce.top -c npt.gro -o nvt.tpr mdrun -v -deffnmnvt 第九步:分析数据。我们需要计算CO 2 的扩散系数。首先,我们需要将周期性边界条件进行unfolding, 因为粒子很有可能会跑到盒子外面去,所以运行路程需要累加。 指令为:trjconv -s nvt.tpr -f nvt.xtc -o nvt_noPBC.xtc...
grompp -f nvt.mdp -p topol_spce.top -c npt.gro -o nvt.tpr mdrun -v -deffnm nvt 第九步:分析 据。 数 我记需要记算CO2 的记散系 。首先,我记需要 周期性记界 件记行 数将条 unfolding,因记 粒子 有可能 到盒子外面去,所以 行路程需要累加。 很 会跑 运 ...
Summary Using gmxapi to create a workflow with multiple grompp -> mdrun -> grompp -> mdrun commands fails with ApiError: Cannot determine working directory...
(using vi or other file editors): define = -DPOSRES integrator = md nsteps = 5000 gen_vel = yes gen_temp = 310 grompp -f pr.mdp -po -c fbp_em2.gro -p fbp.top -o pr.tpr -v -nice 0 mdrun -s pr.tpr -o pr.ttr -c fbp_pr.gro -e pr.edr -g pr.log -v -nice 0 11...
("%-8s%7s%5f%8.3f%8.3f%8.3f\n"," 1MOL",Tatm[o],o,(Xatm[o][0]-n+s)/10,(Xatm[o][1]-i+l)/10,(Xatm[o][2]-f+m)/10);a+=printf("%12.6f %12.6f %12.6f\n",s/5,l/5,m/5)}"mdp"==t&&(r="grompp.mdp",a=";{ Preprocessing\n;===\ninclude = ;\ndefine = ;...
gmxgrompp-v-f 02_em_sol_PME.mdp-cprotein-water.gro-pprotein.top-oprotein-water.tpr 接下来, 文件protein-water.tpr可作为genion程序的输入文件. 我们设定了NA+/CL-(-pname NA+ -nname CL-)的浓度为0.15 M(-conc 0.15), 并指定必须加入超量的某一特定种类的离子以使体系呈电中性(-neutral). genio...