无论是做能量最小化还是跑NPT系综的MD，在grompp过程中都会提示PME mesh的预估计算量为nan。以下为mdp...
如题，在进行gmx grompp -f md.mdp -c NPT.gro -t NPT.cpt -p topol.top -n index.ndx -o ...
1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引...
操作指令为:genbox -cp CO2.gro -cs spc216.gro -box 3.83 3.83 4.04 -p topol_spce.top -maxsol 1879其中最后一项控制最多添加水分子的数量,可以根据实际情况添加。添加完别忘记修改里面的原子类型名字和残基类型名字, 14、和自己的拓扑力场参数匹配。 图5:CO2-spce.gro部分脚本第五步:进行能量最小化(...
genbox-cpCO2.gro -csspc216.gro -box 3.83 3.83 4.04 -ptopol_spce.top-maxsol1879 其中最后一项控制最多添加水分子的数量,可以根据实际情况添加。添加完别忘记修改里面的原子类型名字和残基类型名字,和自己的拓扑力场参数匹配。 图5:CO2-spce.gro部分脚本 第五步:进行能量最小化(Energy Minimization)。在网上...
[gmx-users] Re: restraint-lambdas for position restraints in hamiltonian exchange Dejun Lin [gmx-users] Re: restraint-lambdas for position restraints in hamiltonian exchange Dejun Lin [gmx-users] Mean Square Displacement: gromacs 4.5 Vs gromacs 4.6.1 Guillaume Chevrot Re: [gmx-users] Mean ...
Bug summary Hi, I am trying to calculate the mmpbsa between a protein and peptide. I used gromacs2023.02 and the pbc was removed from the trajectory. But since the version of gmx_MMPBSA is compatible with Gromacs2020, md_2020.tpr was reg...
Thread Date Earlier messages Later messagesMessages by Thread [gmx-users] No such moleculetype SOL Jonathan Saboury Re: [gmx-users] No such moleculetype SOL Mark Abraham [gmx-users] Re: No such moleculetype SOL Jonathan Saboury Re: [gmx-users] Re: No such moleculetype SOL Justin Lemkul...
genbox-cpCO2.gro-csspc216.gro-box3.833.834.04-ptopol_spce.top-maxsol1879 其中最后一项控制最多添加水分子的数量,可以根据实际情况添加。添加完别忘记修改里面的原子类型名 字和残基类型名字,和自己的拓扑力场参数匹配。 图5:CO2-spce.gro部分脚本
genbox-cpCO2.gro-csspc216.gro-box3.833.834.04-ptopol_spce.top-maxsol1879 其中最后一记控制最多添加水分子的量,可以根据记记情添加。添加完记忘记修改里面的原子记型名字和数况残 基记型名字,和自己的拓力记匹配。扑参数 记5:CO2-spce.gro部分脚本 ...