以下为gmx grompp命令输出的最后几行：Analysing residue names:There are: 1350 Other residues Anal...
gmxgrompp-v-f 04_npt_pr_PME.mdp-cprotein-NPT-PR100.gro-pprotein.top-oprotein-NPT-PR10.tpr gmxmdrun-v-deffnm protein-NPT-PR10 10. 非限制性MD模拟: 最后一步预平衡 完成两个阶段的预平衡后, 体系在需要的压力与温度下平衡好了. 我们现在可以放开位置限制运行成品模拟以收集数据了. 过程与前面的...
如题，在进行gmx grompp -f md.mdp -c NPT.gro -t NPT.cpt -p topol.top -n index.ndx -o ...
1.2 文件转换 gmxeditconf- 转换和操控结构文件 gmxeneconv - 转换能量文件 gmxsigeps- 将 C6/12 或 C6/Cn 组合转换为 sigma/epsilon 组合, 或反过来 gmxtrjcat- 连接轨迹文件 gmxtrjconv- 转换和操控轨迹文件 gmxxpm2ps - 将 XPM(XPixelMap)矩阵转换为 postscript 或 XPM 1.3. 运行模拟 gmxgrompp- 生成运...
gmx grompp -f md_cutoff.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_cutoff.tpr -maxwarn 1 gmx mdrun -s md_cutoff.tpr -rerun md.xtc -e prolig.edr # 生成能量数据:选择LJ-SR和Coulomb-SR gmx energy -f prolig.edr -o energy_results.xvg 我之前直接rerun主体模拟轨...
文件下载地址:/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/npt.mdp.指令照旧:grompp -f npt.mdp -p topol_spce.top -c em.gro -o npt.tprmdrun -v -deffnm npt 图8:npt.mdp的全部脚本第八步:进行模拟运算(Production Run)。和第五步第七部 19、原理一样,我们已经有了npt.gro以及topol-spce....
md_0_1.xtc:这是轨迹文件,其中包含了系统中所有原子的位置信息,通常以一定的时间间隔保存。这个文件用于后续的分析,比如计算径向分布函数、结构因子等。.xtc 格式是一种压缩的轨迹格式,可以大幅减少文件大小。 md_0_1.tpr:这是二进制运行输入文件,包含了模拟的所有参数和初始条件。它通常由 gmx grompp 命令生成,...
对于冻结,常用于固定晶核、基板以及牵引动力学中的参照点等设置中,同样在mdp文件中进行设置。需要注意的是在进行模拟前要对需要冻结的组分单独分组,并在grompp过程中使用-n选项读入索引文件,否则可能会导致无法识别冻结组的错误。冻结组通过以下两个选项来设置: ...
在以前的一篇文章中, 我简单说过基于GROMACS的分段模拟方法[1]. 这种方法非常通用, 几乎能完成任意的功能, 且无须修改源代码, 但是运行效率比较差, 因为每次运行 mdrun 都要重新生成tpr文件. 对大分子来说, 使用 grompp 生成tpr还是很耗时的, 可能会成为运行的瓶颈部分. ...
基板以及牵引动力学中的参照点等设置中，同样在mdp文件中进行设置。需要注意的是在进行模拟前要对需要冻结的组分单独分组，并在 grompp 过程中使用 -n 选项读入索引文件，否则可能会导致无法识别冻结组的错误。冻结组通过以下两个选项来设置：GROMACS中文手册第七章 gmx-user mailing list ...