直接用gmx energy得到的两个组之间的相互作用能仅仅是MM部分，PBSA体现的溶剂效应对结合自由能有至关重要...
1-c:最后使用培训书上写的gmx energy的方法计算60个F3分子的相互作用能，具体操作为将60个F3分子分为...
gmxselect- 打印选区的通用信息 2.2. 处理能量 gmxenemat- 从能量文件中提取能量矩阵 gmxenergy- 将能量写入 xvg 文件并显示平均值 gmxmdrun- 利用-rerun 选项(重新)计算轨迹中每帧的能量 2.3. 结构间的距离 gmxcluster- 对结构进行团簇分析 gmxconfrms- 叠合两个结构并计算 RMSD gmxrms- 计算与参考结构之间的...
可以通过g_energy来计算出势能变化。指令是:g_energy -f em.edr -o potential.xvg根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 & 17、#160; 图7:能量最小化势能曲线第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。
看看总能量, 势能和动能的变化会很有趣. 在前一步, 粒子没有速度, 所以没有动能, 因此也没有温度. 现在, 模拟一开始, 原子就被赋予速度因此获得了动能. 模拟过程中的能量信息被保存在不可读的(二进制)文件中, 其扩展名为.edr. 该文件中的信息可用gmx energy命令提取. 绘制体系的温度, 势能, 动能和总能量...
第五步:进行能量最小化(Energy Minimization)。在网上搜索,下载一个em.mdp文件,见图5所示。这里从JustinLemkul的个人教程中下载。下载地址为: http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/ions.这时候em.mdp(参数文件)、CO2-spce.gro(坐标文件)以及topol_spce.top(...
通过名称引用能量项可实现能量文件的自动处理. 使用echo和管道(|)可以将一个程序输出重定向为另一个程序的输入, 这样energy的选择可以自动完成. 要抽取多个项, 各项之间必须以n分割, 复制粘贴或键入以下命令行来抽取其他项. echo13 0 | gmmx energy-fener.edr-opressure.xvg ...
用户定义的势, 根据与墙的Z距离进行索引, 以类似于energygrp-table的选项读入, 其中的第一个名称为“正常”能量组, 第二名称为wall0或wall1, 只使用表中的色散和排斥列. wall-r-linpot: –1 [nm] 与墙的距离在此值以下时, 势能线性连续, 因此力为常数. 当一些原子超过墙时, 将此选项设置为正值对平衡...
0: No electrostatic solvation free energy is computed.1: The dielectric interface between solvent and solute is built with a geometric approach.2: The dielectric interface is implemented with the level set function. Use of a level set function simplifies the calculation of the intersection points ...