1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引...
让体系弛豫到一个新的状态. 为此, 我们为粒子赋予了速度, 这是通过参数gen_vel来控制的, 并在下一行设定了速度分布(Maxwell分布)的温度和随机数生成器的种子(gen_seed). gen_seed被设为-1, 但应该更改为另外的值(提示: 可以使用命令更改, 如sed -i /^gen_seed/s/-1/设定值/ npt....
首先在教程前说一点闲话, 我从2016年寒假开始折腾GROMACS的QM/MM, 中间断断续续有小半年时间, 期间也看了用DFTB3进行QM/MM模拟的方法, 但是当时怎么编译安装都没能成功, 不是PLUMED出错, 就是GROMACS出错, 所以最后无奈放弃. 在其他量化软件里面, 除了GAUSSIAN我一个都不熟, 所以就开始折腾GAUSSIAN+GROMACS的QMMM...
1、科研笔记1:Gromacs安装以前跑MD都是用NAMD软件包,今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装方法,其实大部分都已经过时,这里专述一文,帮助大家入门。第一步:下载最新版本的Gromacs软件包,比如2014.4.3最新正式版本是gromacs-4.6.5.tar.gz。注意:由于4.6.x及其以上版本和4.5.x及其以下版本...
vmd是将视频一帧一桢形成图片格式输出然后再在另一个软件中组成一个动画因此图片就是你一会做动画的来源既然图片选择snapshot快照那也就是说你必须将动画置于窗口而不能最小化否则相当于无法截第四步 科研笔记1:Gromacs安装 以前跑MD都是用NAMD软件包,今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装...
>> place molecules within a box at a desired location with editconf -center, >> otherwise genbox -ci -nmol. If the locations of the molecules are not what >> you desire with genbox, change the value of -seed and try again. >> ...
gmx editconf -f CONTCAR.pdb -o scl0.2.pdb -bt triclinic -box 0.3560 0.5686 1.9724 -angles 90.00 126.91 90.00 The unit cell consists of 4 polymer chains, each chain having 7 repeating (C-O-C) units. The system has 3 atom types (C, H, O), 196 atoms, 192 bonds, ...
1、使用packmol建模后（根据指定密度，确定了盒子大小和分子数量，固定了不同种类分子所在位置等）保存PDB...
初学gmx，借助高斯对有机小分子进行了结构优化，并利用Multiwfn计算了RESP电荷，之后利用ambertools和acpype...
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/ions.这时候em.mdp(参数文件)、CO2-spce.gro(坐标文件)以及topol_spce.top(拓扑文件)三个结合生成一个二进制文件em.tpr。粗浅来看,这是我认为Gromacs比NAMD厉害的地方。运算由于读取二进制文件,所以速度极快。然后就开始运...