## Preface 脂双层,常见的如细胞膜,囊泡等等。某些时候,我们可能需要在模拟的体系中构建这样的一个脂双层。构建脂双层的方法有很多,CHARMM-GUI、packmol、genmixmem(http://sobereva.com/245,非常推荐) 等方法都可以用来构建脂双层。 今天主要跟大家分享如何利用gmx的原生命令editconf、genconf、solvate等来构建一个...
1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引...
此文档由 daxiahao13.. 分享于 2017-10-22 请拖动滑块继续阅读 不看了,直接下载 阅读了该文档的用户还阅读了这些文档 2 p. GMX50P4谱仪-电致冷 2 p. gmx草堂 ·诗魂iqy 48 p. creditconstrained 20 p. 理解文句含义gmx 12 p. GMX《空调技术》讲义-绪论 21 p. 眼与全身病 gmx 8 p. ...
1、使用packmol建模后（根据指定密度，确定了盒子大小和分子数量，固定了不同种类分子所在位置等）保存PDB...
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/ions.这时候em.mdp(参数文件)、CO2-spce.gro(坐标文件)以及topol_spce.top(拓扑文件)三个结合生成一个二进制文件em.tpr。粗浅来看,这是我认为Gromacs比NAMD厉害的地方。运算由于读取二进制文件,所以速度极快。然后就开始运...
初学gmx，借助高斯对有机小分子进行了结构优化，并利用Multiwfn计算了RESP电荷，之后利用ambertools和acpype...
1、科研笔记1:Gromacs安装以前跑MD都是用NAMD软件包,今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装方法,其实大部分都已经过时,这里专述一文,帮助大家入门。第一步:下载最新版本的Gromacs软件包,比如2014.4.3最新正式版本是gromacs-4.6.5.tar.gz。注意:由于4.6.x及其以上版本和4.5.x及其以下版本...
要在写CO2.itp中就行。修改完如记2所示。 记2:ffnonbonded.itp的部分脚本 其次记始撰写CO2.itp。建记使用GROMACS程教4.5.4版本p.131的模板记行作。写CO2的需要根据参数 不同的目的而不同。本例子是记了做记散系,考文如下:数参献 Harris,JonathanG.,andKwongH.Yung."Carbondioxide'sliquid-vaporcoexistencecu...
gmx_MMPBSA is a new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files. But, what does that mean? Basically, gmx_MMPBSA provides all the MMPBSA.py functionalities and more to GROMACS users. MMPBSA.py is an excellent and well-known ...
什么原因致使能量最小化在指定步之前停止? 体系最终的势能为多少? 使用PyMOL载入能量最小化之前和之后的结构, 并进行比较. 为了更好地查看结构的区别, 可以将优化后的结构叠合到初始结构上(已经重命名为protein.pdb). 使用align命令可以将结构protein-EM-vacuum.pdb与protein.pdb对齐, ...