gromacs教程19-gmx densmap二维密度映射, 视频播放量 1054、弹幕量 0、点赞数 17、投硬币枚数 7、收藏人数 19、转发人数 2, 视频作者 邱新龙-计算菜鸡, 作者简介 一个做计算的自媒体菜鸡,相关视频:gromacs教程20-gmx xpm2ps文件格式转化,关于gromacs+autoff开展自组装案
先用gmx_mpi densmap -f step5.xtc -s step5.tpr -n index.ndx -o densmap.xpm -b 30000 -...
gmx densmap [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-bin <real>] [-aver <enum>] [-xmin <real>] [-xmax <real>] [-n1 <int>] [-n2 <int>] [-amax <real>] ...
1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引...
gmx densmap [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-bin <real>] [-aver <enum>] [-xmin <real>] [-xmax <real>] [-n1 <int>] [-n2 <int>] [-amax <real>] ...
1. 建模和计算操作命令: 1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 ...