branch.length="none":不显示分支长度。 使用aes(color=group)对树的分支进行着色,着色的属性为group。 使用scale_color_manual手动设置颜色映射,使用rainbow_hcl函数生成不同类别的颜色,类别数为phylumNum+1(属性值的数量加一,为了保证颜色不重复)。 breaks=phylumNames, labels=phylumNames:设置颜色映射的标签,即属性...
ggtree(new.tree,aes(color=group))+ scale_color_manual(values = c("red","gray"))+ ggnewscale::new_scale_color()+ geom_tiplab(aes(color=group,alpha=group), size=10,offset = -2,hjust=0.5)+ geom_tippoint(aes(shape=group,color=group,alpha=group), show.legend = F,size=10)+ #scale...
scale_color_manual(values = colors,guide=guide_legend(title = "Host phylum",nrow = 3))+geom_tree(layout = "fan") p1 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. # 3. 外圈注释1,方块代表phage,颜色代表family library(ggstar) p2=p1+geom_fruit( geom = geom_star, data = anno, mapping = aes( y=nod...
ggtree(new.tree,aes(color=group))+ scale_color_manual(values = c("red","gray"))+ ggnewscale::new_scale_color()+ geom_tiplab(aes(color=group,alpha=group), size=10,offset = -2,hjust=0.5)+ geom_tippoint(aes(shape=group,color=group,alpha=group), show.legend = F,size=10)+ #scale...
scale_color_manual:用于自定义颜色的映射。当你想要为不同的组或分类指定特定的颜色时很有用。 theme:用于自定义图形的整体主题和样式,比如字体、背景、网格线等。可以调整图形的美观性和可读性。 annotate:用于在图形上添加注释,如文本、箭头或标记。这可以帮助解释图上的某些特征或数据。
(color=group))+scale_color_manual(values=c("red","gray"))+ggnewscale::new_scale_color()+geom_tiplab(aes(color=group,alpha=group),size=10,offset=-2,hjust=0.5)+geom_tippoint(aes(shape=group,color=group,alpha=group),show.legend=F,size=10)+#scale_color_manual(values=c("white","red...
scale_shape_manual(values=c("Phylum"=20, "Class"=18), guide="none" ) p1 对另一颗树添加颜色 p1_1 <- p0_1 + geom_tippoint( mapping=aes( color=Taxa, shape=Level ), size=1, alpha=0.8 ) + scale_color_manual(values=colorRampPalette(RColorBrewer::brewer.pal(9,"Set1"))(a), gu...
scale_color_manual(values = c("#2398c5","#febf68")) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 最终结果 image.png 这里还用到了ggnewscale这个包,如果是第一次使用需要安装 示例数据和代码放到了今天 次条推文的留言区 次条推文是一个广告 ...
ggtree(tree1)+geom_tiplab(aes(color = label %in% to_drop)) + scale_color_manual(values = c("black","red")) + theme(legend.position = "none") ggtree(tree1.drop) + geom_tiplab() 图5 drop.tip删除指定叶子节点 tree_subset():通过指定节点来将树对象作为子集,并返回选定数量级别内的所有相...
linecolor <- scale_color_manual(values=c("#00AED7","#009E73")) fillcolor <- scale_fill_manual(values=c("#00AED7","#009E73"), na.translate =FALSE) fg <- geom_fruit_list(gf2, gf1, linecolor, fillcolor) 组装结果 有了上面构建的这些图层对象元件,用+进行组装即可。有两个注意点:+ ...