groupOTU:自定义函数,用于将属性信息合并到进化树中的叶节点(OTU)。 使用ggtree函数绘制树,设置布局为圆形(layout="circular")。 ladderize = F:不对树进行阶梯化处理。 branch.length="none":不显示分支长度。 使用aes(color=group)对树的分支进行着色,着色的属性为group。 使用scale_color_manual手动设置颜色映...
ggtree(tr2,layout ="circular") ggtree(tr2,layout ="fan", open.angle=100) #使用参数branch.length = 'none'可以去掉分支长度: ggtree(tr2,branch.length = 'none')#默认矩形布局 ggtree(tr,branch.length = 'none', layout = 'circular') ggtree(tr,branch.length = 'none',layout ="daylight") #...
# 1. 树的主体,很正常,打开小角度,开口在左上角 p=ggtree(tree,layout = "fan",open.angle = 5) # 2. 内圈注释,给部分clade加上不同Phylum的颜色,但是这个色块是加在tip到圆等半径的空间(这个很有意思,还没有看到过别人用R实现过) p1=p+geom_tiplab(data=tree_df,mapping = aes(color=Phylum),ali...
layout布局美化 首先最重要的当然是树图的layout了。 1ggtree(tree,layout = 'circular') 变成环形聚类树 其中ggtree设置了很多布局参数。如下图: 各位,可以随心所欲的调整。 ggplot2的图形美化参数 1ggtree(tree) + scale_x_reverse()#将x轴反过来
p<-ggtree(tree,layout = "circular",size=0.1) 给进化树末端节点添加节点名称: p1<-p+ geom_tiplab(align = T,size=2) 给第一层外圈添加TPM表达量热图: p2<-gheatmap(p1,tpm, offset=6, #设置外圈图到树的偏移距离,这个值需要不断调试
ggtree(hc,layout="circular")+ xlim(0,5)+ geom_tiplab2(offset=0.1, size=2)+ #geom_text(aes(label=node))+ geom_highlight(node = 152,fill="red")+ geom_highlight(node=154,fill="steelblue")+ geom_highlight(node=155,fill="green")+ ...
ggtree(hc,layout="circular")+geom_tiplab2(offset=10)+xlim(0,300) image.png 接下来我们用鸢尾花的数据集试一下 鸢尾花数据集是150个样本,用圆形的图看下效果 代码语言:javascript 复制 df<-iris[,1:4]rownames(df)<-paste(iris$Species,1:150,sep="_")hc<-hclust(dist(df))library(ggtree)help(...
ggtree(tree,layout="inward_circular",xlim=c(40,NA),alpha=0)+geom_tiplab(aes(color=group),show.legend=F)+scale_color_manual(values=col)+ggnewscale::new_scale_color()+geom_taxalink(data=df2,mapping=aes(taxa1=taxa1,taxa2=taxa2,color=group1),hratio=3)+scale_color_manual(values=c("#...
p<- ggtree(tree,layout="fan", branch.length = "none", ladderize = FALSE,aes(color=Phylum))%<+% otu_tax + # geom_point(aes(fill = Phylum),pch = 21,size = 3) theme(legend.position = "right") p = p + xlim(-10,NA)
注意,不是geom_hline(yintercept).好像是与ggtree设为layout = "dendrogram"有关. 添加guide lines 该图不能给所有分支末端都添加guide lines,否则会极丑。没找到ggtree哪个函数能实现部分添加guide lines 通过检测,写if设置是否添加guide lines. 数值与NULL. 添加geom_segment(),设置线段的位置。 从基础ggtree图...