library(ggtree)library(treeio)tree<-read.tree("data/20220829/fig2.nwk")ggtree(tree)+geom_tiplab()group01<-c("C","F","K")group02<-tree$tip.label[-match(group01,tree$tip.label)]groupInfo<-list(group01=group01,group02=group02)new.tree<-groupOTU(tree,groupInfo)ggtree(new.tree,aes(co...
注意,不是geom_hline(yintercept).好像是与ggtree设为layout = "dendrogram"有关. 添加guide lines 该图不能给所有分支末端都添加guide lines,否则会极丑。没找到ggtree哪个函数能实现部分添加guide lines 通过检测,写if设置是否添加guide lines. 数值与NULL. 添加geom_segment(),设置线段的位置。 从基础ggtree图...
method="complete")iris_species<-rev(levels(iris[,5]))iris_specieslibrary(dendextend)dend<-as.dendrogram(hc_iris)dend<-color_branches(dend,k=3)labels(dend)<-paste(as.character(iris[,5])[order.dendrogram
6、绘制树状图 # 可视化进化树,这里图形选用的是"fan",还可以是 'rectangular', 'dendrogram', 'slanted', 'ellipse', 'roundrect', 'circular', 'circular', 'inward_circular', 'radial', 'equal_angle', 'daylight' or 'ape' p <- ggtree(tree, layout="fan", open.angle=10, size=0.5) p 7...
ggtree(hc,layout="circular")+geom_tiplab2(offset=10)+xlim(0,300) image.png 接下来我们用鸢尾花的数据集试一下 鸢尾花数据集是150个样本,用圆形的图看下效果 代码语言:javascript 复制 df<-iris[,1:4]rownames(df)<-paste(iris$Species,1:150,sep="_")hc<-hclust(dist(df))library(ggtree)help(...
我最近把微调的工作都做了,你直接用就行,简单讲,我提供了layout_dendrogram直接就给你画从上到下的布局,然后再有一个theme_dendrogram,这个和theme_tree相似,但显示的是树高,而且以最远的叶子为0。 下面来个简单的例子: clus <-cutree(hc, 4)d = data.frame(label=names(clus),member=factor(clus))ggtree...
ggtree(tree) + layout_dendrogram() ggplotify::as.ggplot(ggtree(x), angle=-30, scale=.9) ggtree(tree, layout='slanted') + coord_flip() ggtree(tree, layout='slanted', branch.length='none') + layout_dendrogram() ggtree(tree, layout='circular') + xlim(-10, NA) ...
layout_dendrogram() + geom_tiplab(aes(color = member), angle=90, hjust=1) + theme_dendrogram(plot.margin=margin(6,6,80,6)) ggtree for microbiome data ggtree for outbreak data 这两篇文章告诉我们,ggtree是可以搞定R社区中所有的树对象的,而这篇文章又告诉我们,ggtree是可以搞定层次聚类的,而我们...
#scale_color_manual(values = c("white","red"))+ scale_alpha_manual(values = c(1,0))+ scale_shape_manual(values = c(19,5))+ layout_dendrogram()+ theme(legend.position = "none") image.png 示例数据和代码可以给推文打赏一元获取
layout_dendrogram() + geom_tippoint(size=5, shape=21, aes(fill=factor(cyl), x=x+.5)) + geom_tiplab(aes(label=cyl), size=3, hjust=.5) + geom_tiplab(aes(color = member), angle=90, hjust=1, offset=-5) + theme_dendrogram(plot.margin=margin(6,6,80,6)) ggtree for microbiome...