geom_tiplab(size=1.5,offset=0.03, color="grey10")+ geom_tippoint(color="#6bc72b",fill="#6bc72b", alpha=0.4, size=3,shape=21) p6 #为进化树的簇添加不同的色块;可以使用geom_text查看结点标签,之后再添加色块; p7<- ggtree(tr,layout ="rectangular")+ geom_tiplab(size=1.5,offset=0.03, c...
geom_nodepoint(color ="#AEC7E8FF", alpha = 0.5, size = 6) + geom_tippoint(color ="#1F77B4FF", alpha = 0.5, size = 4) p000 p111<- p11 + geom_nodepoint(color ="#AEC7E8FF", alpha = 0.5, size = 3) + geom_tippoint(color ="#1F77B4FF", alpha = 0.5, size = 1.5) p1...
p2<- ggtree(tr,layout ="daylight")+ geom_tiplab(size=1.5,offset=0.03, color="grey10")+ geom_tippoint(color="#6bc72b",fill="#6bc72b", alpha=0.4, size=3,shape=21)+ # geom_text(aes(label=node), size=2)+ geom_highlight(node = 121,alpha=0.2,fill="#FF9999")+ geom_highlight(...
ggnewscale::new_scale_color()+ geom_tiplab(aes(color=group,alpha=group), size=10,offset = -2,hjust=0.5)+ geom_tippoint(aes(shape=group,color=group,alpha=group), show.legend = F,size=10)+ #scale_color_manual(values = c("white","red"))+ scale_alpha_manual(values = c(1,0))+...
geom_tippoint(aes(color=Phylum)) # 末端“点”颜色 gra=ggtree(tree,aes(col=Phylum),layout="circular",size=0.1)%<+%map+# 树型、线粗细、末端颜色 + 注释信息geom_tippoint(aes(color=Phylum),size=0.1)+# 端点颜色、大小geom_tiplab(aes(label=NA,col=NA),size=0.8)+# 注释、注释的颜色theme(...
ggtree(tree)+geom_tiplab()+ geom_tippoint() geom_tiplab()函数中的一些参数align=T标签右对齐linesize = 16标签右对齐后会有线连接,设置线的粗细linetype = 1设置线的类型,默认是虚线offset=2设置标签距离枝末端的距离 ggtree(tree)+ geom_tiplab(align=T,linesize = 5,linetype = 1,offset = 2) ...
()+geom_tiplab(aes(color=group,alpha=group),size=10,offset=-2,hjust=0.5)+geom_tippoint(aes(shape=group,color=group,alpha=group),show.legend=F,size=10)+#scale_color_manual(values=c("white","red"))+scale_alpha_manual(values=c(1,0))+scale_shape_manual(values=c(19,5))+layout_...
geom_tippoint:用于在叶子节点(tip)上添加点,通常用于标示具体的样本或物种。可以通过size,color的具体设置来做节点的调整。 scale_color_manual:用于自定义颜色的映射。当你想要为不同的组或分类指定特定的颜色时很有用。 theme:用于自定义图形的整体主题和样式,比如字体、背景、网格线等。可以调整图形的美观性和可...
ggtree(tree, layout = "circular") + geom_hilight(node = 21, fill = "steelblue", alpha =.6) + geom_hilight(node = 23, fill = "darkgreen", alpha = .6) 3)下面就用一个示例结束ggtree的介绍(对于ggplot2系列要把握一个核心:图层的展示,以及布局): ...
p<-ggtree(mergedGP)+geom_tippoint(aes(color=Phylum),size=1.5)##facet_plot根据树结构自动重新排列丰富度数据 ##geom_density_ridges函数将密度曲线与树对齐facet_plot(p,panel="Abundance",data=melt_simple,geom_density_ridges,mapping=aes(x=val,group=label,fill=Phylum),color='grey80',lwd=.3) ...