ggtree(tree)+geom_tiplab()+ geom_tippoint() geom_tiplab()函数中的一些参数align=T标签右对齐linesize = 16标签右对齐后会有线连接,设置线的粗细linetype = 1设置线的类型,默认是虚线offset=2设置标签距离枝末端的距离 ggtree(tree)+ geom_tiplab(align=T,linesize = 5,linetype = 1,offset = 2) 使用...
geom_tiplab2(offset=0.1, size=2)+ #geom_text(aes(label=node))+ geom_highlight(node = 152,fill="red")+ geom_highlight(node=154,fill="steelblue")+ geom_highlight(node=155,fill="green")+ geom_cladelabel(node=152,label="virginica", offset=1.2,barsize = 2, vjust=-0.5,color="red"...
如果tiplab字体颜色要改变成各种分支的颜色,那么在之前的p6代码中,去掉color就可以了或者全部改成黑色。 #变成黑色字体 p6 <- ggtree(tree, layout = "circular", branch.length = "none")+geom_tiplab2(color = "black", size=3, hjust=-.05)+ xlim(NA, 20) #变成相应的彩色 p6 <- ggtree(tree, la...
dat01,by="label")ggtree(tree)+geom_tiplab(align=TRUE,fontface=3)+geom_tippoint(aes(color=groupinfo),show.legend=F,size=5)+scale_color_manual(values=c('group1'='#df237b','group2'='#11926a'))+xlim(0,3)->
geom_tiplab(size=2,offset=0.03, color="grey10")+ geom_tippoint(color="#ff5a20",fill="#ff5a20", alpha=0.4, size=3,shape=21) p4 #调整进化树为“日光”样式; p5<- ggtree(tr,layout ="daylight")+ geom_tiplab(size=2,offset=0.03, color="grey10")+ ...
想要加tip.label,用geom_tiplab图层,并且ggplot2的图层都可以直接应用于ggtree。 ggtree(tree) +geom_tiplab() +geom_point(color='firebrick') 树的操作与注释 ggtree提供了多个函数可以把clade放大缩小(scaleClade),折叠(collapse)和展开(expand),位置调换(flip)和旋转(rotate),以及分类(groupOTU, groupClade)。
geom_tiplab2(offset=10)+ xlim(0,300) image.png 接下来我们用鸢尾花的数据集试一下 鸢尾花数据集是150个样本,用圆形的图看下效果 df<-iris[,1:4] rownames(df)<-paste(iris$Species,1:150,sep="_") hc<-hclust(dist(df)) library(ggtree) ...
geom_tiplab(align = TRUE, fontface=3)+ geom_tippoint(aes(color=groupinfo), show.legend = F, size=5)+ scale_color_manual(values = c('group1'='#df237b', 'group2'='#11926a'))+ xlim(0,3)-> p1 p1 1. 2. 3. 4. 5. ...
geom_tiplab2(aes(color=label),parse='emoji',size=12,vjust=0.25) print(p) 要画环形树也是同样简单! 这个环形树可以随意指定开口角度,转变成扇子型状! open_tree(p,angle=200) 还能随意旋转! open_tree(p,angle=60)%>%rotate_tree(-75)
2. 这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果 library(ggtree) hc <- hclust(dist(mtcars)) ggtree(hc) 1. 2. 3. image.png 基本的美化 把树的形状改为圆形,添加样本的名称 ggtree(hc,layout = "circular")+ geom_tiplab2(offset=10)+ ...