p+ggrepel::geom_text_repel( aes(label=gene),df2 ) ggsave("tmp3.pdf",width = 22, height = 20, units = c("cm")) 这个图里面重叠问题已经解决了,文本靠在点的旁边,且文本不重叠,太密集的区域有线段指向。不过大部分没有线段指向,如果点与点,文本与文本比较近,还是无法肉眼
(1)geom_text and geom_label添加分类标签 加载数据: library(ggplot2) library(ggrepel) library(patchwork) #1. 添加标签 #(1) Create some data # Subset 10 rows set.seed(1234) ss <- sample(1:32, 10) df <- mtcars[ss, ] #(2) Text annotations using geom_text and geom_label #这里是直...
R ggplot2是一个用于数据可视化的强大工具,它提供了丰富的图形语法和灵活的绘图功能。在ggplot2中,geom_text函数用于在图形中添加文本标签。 当使用geom_point和geom_line函数时,如果同时使用了geom_text函数,可能会出现一些问题。这是因为在默认情况下,geom_text会尝试在每个数据点上添加文本...
ggplot2绘图系统——扩展包ggrepel、ggsci、gganimate、ggpubr等 部分扩展包可在CRAN直接下载,有些需借助devtools包从Github下载。 1. ggrepel包 用来在图上添加文字和标签,相比geom_text和geom_label函数,能将重叠的标签分开,并添加指示短横线。 library(ggrepel) ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))+geom_point(color='...
geom_text_repel(data = labeldata[1:10,], aes(label = label,color=status), size=2.5)+ # 横轴标题 xlab('Log2FC')+ # 纵轴标题 ylab('-Log10(adjPvalue)') ggsave('plot1.pdf',width = 7,height = 5.5) 1. 2. 3. 4. 5.
pdf(file = "output.pdf", width = 10, height = 8, family = "serif") plota = ggplot(data = df, aes(x=V5, y=V6)) + geom_point(aes(color=V3, shape=V3),size=4)+ geom_text_repel(aes(label=V2),size=4) + scale_x_continuous(name = "mean rate of Missense / Slient") + sca...
然后用这个数据框作为数据源去画geom_text和geom_label 推荐使用ggrepel包为点添加文本或者标签 因为不会遮盖点 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 library(ggplot2) # Filter required rows. midwest_sub <- midwest[midwest$poptotal > 300000, ] ...
ggplot(mpg,aes(displ,hwy))+geom_point(aes(color=class))+geom_label(aes(label=model),data=best_in_class,nudge_y = 2,alpha=0.5) 但右上角有重叠的字符框,因为数据点位置几乎重叠,用ggrepel包的geom_label_repel自动调节标签位置,以避免重叠 ...
theme(axis.text.x=element_blank()) 去掉X轴刻度尺 theme(axis.ticks.x = element_blank()) 去掉X轴标题 theme(axis.title.x = element_blank()) 在图上加基因名字(我只想给重叠的基因加,不然太乱了) geom_text_repel(aes(x=test$Symbol,y=test$log2FoldChange.C2.C1.,label=ifelse(test$X=="...
(2)text 根据cluster的位置,手动添加,需要尝试,倒是效果会好一些。 更多注释详见ggplot2-annotation|画图点“精”,让图自己“解释” 3.4 调整umap图 - repel - labels 1)计算每个cluster的median 坐标位置 2)geom_label_repel 添加注释 使用ggrepel包的repel函数可以使注释的标签不重叠。 3)去掉legend OK ,以上...