library(ggplot2)data<-read.csv("GO_enrichment_significant.csv",header=TRUE)head(data) 二 对上述GO结果绘制基础bar图 参照之前ggplot2使用方法,更改geom即可绘制简单的bar图,按照GO_category分组颜色 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 g
3.1 barplot绘图 pdf(file="ek_barplot.pdf",width = 7,height = 5) barplot(ek, x = "GeneRatio", color = "p.adjust", #默认参数 showCategory =10) #只显示前10 dev.off() 此时在工作文件夹中得到了pdf格式的KEGG富集绘图: 图2 3.2 dotplot绘图 dotplot(ek,x = "GeneRatio", color = "p....
使用clusterProfiler包进行GO富集分析，然后利用enrichplot和ggplot2绘制图表。举例：从DOSE包中获取100个基因的EntrezID。执行GO富集分析，选择类型为BP、MF或CC。将结果输出为txt文件。enrichplot包用于绘制GO富集图表，包括barplot和dotplot。ggplot2绘制更为美观的图表，计算Enrichment Factor或Fold Enrichment值...
按分组降序排列 sort.by.groups=TRUE 参数 这个比较适用于绘制GO的富集情况 1ggbarplot(dfm, x = "name", y = "mpg", 2 fill...ggpar 5 sort.val = "asc", # 升序排列 6 sort.by.groups = FALSE, # Don't...E7B800", "#FC4E07"), # Custom color palette 4 sorting = "ascending", #...
分析结果以文本文件的形式输出，其geneID即为EntrezID，通过setReadable函数轻松转换。接下来，enrichplot包就像一位精细的艺术家，能绘制出吸引眼球的barplot和dotplot，而ggplot2则负责将这些图形提升到艺术的高度，赋予它们独特的美学。在探索数据之美时，Enrichment Factor或Fold Enrichment是常用的视觉元素。...
barplot(df01$x) ggplot(df01, aes(x)) + geom_bar() 1. 2. 3. 4. 可以看到,上面两个函数绘制出的图形完全不同,其中ggplot2系统绘制出的才是我们想要的柱状图。 这是因为使用原始数据绘制柱状图前需要先进行频数统计,这个过程就是统计变换。
library(ggplot2) library(stringr) mytheme <- theme_bw() + theme(plot.title = element...
首先，通过DOSE包获取100个基因的EntrezID列表，然后利用clusterProfiler包进行KEGG信号通路富集分析。分析结果会以txt文件形式输出，需要特别注意文件中的geneID是EntrezID。在获取富集结果后，可以通过enrichplot包将这些信息以图形形式展示出来。使用barplot绘图可以直观地展示KEGG富集情况，得到的pdf格式绘图有助...
ggplot 是一个用于在R语言中生成图形的库。我们提供数据,并指定美学上的指定数据应如何映射。它是一个非常强大的库,广泛用于生成全面的图形和图表。它被用于创建基于 “图形语法 “的图形。柱状图或条形图是一种数据可视化工具,广泛用于表示数字和分类变量之间的关系。数字变量通常绘制在Y轴上,分类变量绘制在水平X轴...
We’ll go through several examples with reproducible code. BarplotBarplot Packages For this post, we need to loadggpattern,ggplot2andhrbrthemes(for better looking chart). library(ggpattern)library(ggplot2)library(hrbrthemes) Dataset In this post, we’ll use a simple homemade dataset: ...