ggplot(data=dat01,aes(x=gene_name,y=Sample))+ geom_tile(aes(fill=expr_value),color=NA) 热图经常遇到的操作是调整坐标轴的顺序,这个可以通过赋予因子水平来实现 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(readxl)dat01<-read_excel("example_data/08-heatmap/03_heatmap_example.xlsx...
ggplot是一个用于数据可视化的R语言包,它提供了丰富的图形绘制功能。热图(heatmap)是一种用颜色编码数据矩阵的可视化方式,用于展示数据的相对大小或相似性。 热图的绘制可以通过ggplot中...
annotation_col = data.frame(map$Group) rownames(annotation_col) = row.names(map) g3_1 = pheatmap(data,fontsize=6,cellwidth =20, cellheight =10,cluster_rows =TRUE, color = colorRampPalette(RColorBrewer::brewer.pal(11,"Spectral"))(60)...
width=1, height=0.5) +# 主热图geom_tile(data=df, aes(x=Sample, y=Gene, fill=Value)) +# 颜色设置scale_fill_manual(name="Groups", values=group_colors) + scale_fill_gradientn(name="Expression", colours=heat_colors, na.value="grey90") +# 主题调整theme_minimal() + theme(axis.text....
p1<-ggplot(C,aes(x=B,y=variable)) #热图绘制 p2 <- p1+scale_color_gradientn(values = seq(...
# Librarylibrary(ggplot2)# Dummy datax<-LETTERS[1:20]y<-paste0("var",seq(1,20))data<-expand.grid(X=x,Y=y)data$Z<-runif(400,0,5)# Heatmapggplot(data,aes(X, Y,fill=Z))+geom_tile() Color palette can be changed like in anyggplot2chart. Above are 3 examples using different ...
我们主要使用complexheatmap来学习作者这个图中热图的复现。 复现代码 #热图配色方案 heatmap_colors <- colorRamp2(c(0, 0.5, 1), c("#481e5f", "#1e8392", "#f5eb28")) # Figure A # 分组数据 Group=data.frame(Immunotype=sample(c("G1", "G2", "G3", "G4", "G5"), 50, replace...
source("https://down.jewin.love/?f=/Rscript/heatmap.R") 接下来利用示例数据进行简单的流程介绍: 如何绘制一幅热图? 前期准备与数据创建 首先,需要安装并加载这两个R包。 install.packages("ggplot2") install.packages("reshape2") library(ggplot2) ...
Use RColorBrewer palettes Use Wes Anderson color palettes Use gray colors Continuous colors: Gradient colors Functions: Brewer palettes:scale_colour_brewer(),scale_fill_brewer(),scale_color_brewer() Gray scales:scale_color_grey(),scale_fill_grey() ...
heatmap(data,scale = 'column', col=terrain.colors(256), Colv = NA, Rowv = NA) 2.geom_tile ggplot2 中,热图可看作若干个小矩形组成。其几何对象就是rect(矩形)或tile(瓦片),两者效果相同。 mydata<-data.frame(year=2000:2015,lung=runif(16), ...