ggplot2做热图还需要掌握的一个知识点是 长格式数据 和 宽格式 数据,ggplot2作图的输入数据都是长格式数据,长格式数据如下,一列x,一列y,还有一个数据 宽格式数据截图如下 这个长宽格式转化是ggplot2作图必须理解的一个概念 R语言里提供了长宽格式数据互相转化的函数,这里我以tidyverse这个R包里的函数作为介绍,tidyv...
"mi|Ag|BD|SH"),"plain","italic")p2<-ggplot(df2,aes(Amplicon,Genus))+geom_tile(aes(fill=Abundance))+geom_text(aes(label=round(Abundance,2)))+scale_fill_gradientn(colors=rev(c("#a50026","#d73027","#
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前几天记录了使用 ggplot2绘制热图的基本方法:R语言画图 | ggplot2绘制热图及个性化修饰 R语言画图 | ggplot2绘制离散值热图 ggplot2画图虽然综合功能很强大,但在画热图方面相比于pheatmap,使用上确实不算便利…
R语言有多种程序包可以绘制热图,如pheatmap包、ggplot2包和gplots包heatmap.2函数等,其中pheatmap包是最受欢迎的最常用的热图绘制的R包之一,能够绘制出美观且高度定制的热图。此外,matplotlib、seaborn和plotly等Python数据可视化库也可用于绘制热图,例如matplotlib库的imshow函数即可根据数据数组绘制热图且使用savefig函数...
Note:try to hover cells to see the tooltip, select an area to zoom in. # Librarylibrary(ggplot2)library(hrbrthemes)library(plotly)# Dummy datax<-LETTERS[1:20]y<-paste0("var",seq(1,20))data<-expand.grid(X=x,Y=y)data$Z<-runif(400,0,5)# new column: text for tooltip:data<-...
(i in 1:(length(colors) - 1)){ if(colors[i] != colors[i+1]){ intervalMat[mat>colors[i] & mat<=colors[i+1]] <- j j <- …Run Code Online (Sandbox Code Playgroud) r heatmap ggplot2 Liz*_*der 2013 01-29 5推荐指数 1解决办法 1068查看次数 ...
我在试这个(https://jcoliver.github.io/learn-r/008-ggplot-dendrograms-and-heatmaps.html)使用制作热图和树状图的教程ggplot 2.数据可以在这里找到:https://jcoliver.github.io/learn-r/data/otter-mandible-data.csv。 然而,当我尝试导出high-resolution图像时, ...
ggplot_tile进行画图 gplots 数据处理成矩阵形式,给行名列名 调制颜色并用heatmap.2画热图(heatmap.2函数内部用hclustfun 进行聚类) R语言代码 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 library(ggplot2)library(data.table)CN_DT<-fread("/home/ywliao/project/Gengyan/ONCOCNV_result/ON...
偶然的机会,发现ggplot2画的heatmap也挺好看的,除了不能画出聚类树来(手动滑稽)。 随意新建了两个矩阵,并且计算对应的相关系数。 x<-matrix(sample(1:1000,100),ncol=10)y<-matrix(sample(1:1000,100),ncol=10)cor_score<-cor(t(x),t(y))plot_df<-data.frame(x=rep(1:10,10),y=rep(1:10,rep...