除了使用geom_signif,还可以考虑使用ggpubr包中的stat_compare_means函数进行显著性标记。这个函数可以一次性对多组样本进行显著性检验和标记,同时还提供了多种显著性标记的显示方式。 总之,使用ggplot的geom_signif函数可以在作图过程中方便地添加显著性标记,使图表更加直观易懂。此外,还可以使用ggpubr包中的stat_comp...
下面是一个使用geom_signif()函数的示例代码: library(ggplot2) library(ggpubr) #创建一个数据框 df <- data.frame( group = factor(rep(c("A", "B"), each = 3)), value = c(3.1, 2.8, 2.9, 6.1, 5.8, 5.9), se = c(0.2, 0.3, 0.1, 0.2, 0.3, 0.1) ) #绘制折线图 p <- ggplot...
添加显著性标记用到的是ggsignif包中的geom_signif()函数 在昨天推文的基础上,如果是利用带重复的原始数据作图,然后利用geom_signif()函数作图的时候我遇到了报错,暂时还不知道如何解决。等找到原因了再来介绍。 查找资料的过程中找到了一篇论文 https://www.jove.com/t/60139/nest-building-behavior-as-an-early...
里geom_segment()函数起到的作用和annotate()函数是差不多了,代码比较繁琐,而且还需要额外单独做显著性分析。还需要仔细学习下geom_signif()函数的用法,学习如何在簇状柱形图的基础上自动添加显著性检验的结果 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做...
2、基础箱线图的绘制:ggplot2中用于绘制箱线图的函数为geom_boxplot(); library(ggplot2) ggplot(df,aes(group1,value))+ geom_boxplot() 3、颜色修改:包括填充色、边框颜色等; #填充统一颜色 ggplot(df,aes(group1,value))+ geom_boxplot(fill="orange") ...
在上述代码中,geom_signif()函数用于在条形图中添加显著性标注。comparisons参数指定了进行显著性检验的组别对,map_signif_level参数将p值映射为显著性水平,annotations参数指定了标注的内容(如星号数量),y_position参数控制了标注的位置。
library(ggsignif) 先定义好要比较的组别: compare_pair= list(c("pre","post")) 在箱形图里引入散点图,不仅可以展示整组的表达情况,还可以清楚地看见每个样本的表达情况: ggplot(dat,aes(Group,ketones,fill=Group)) +geom_boxplot(width=0.5) +t...
图2b中带误差棒柱状图的多组统计比较可视化:这个作图思路就是先绘制不同组之间的柱状图+添加误差棒+添加抖动散点,然后添加统计注释。因为是多组之间比较,如果利用ggsignif做统计检验比较麻烦。可以事先进行统计比较,将统计结果作为一个注释数据...
如何在geom_signif()函数里调整P值的文字格式暂时想不到办法了,使用annotate()函数吧 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ggplot(data=dfb.1,aes(x=V1,y=value))+ stat_summary(geom = "bar", fun = mean, fill="#c6c3c3")+ stat_summary(geom = "errorbar", fun.min = ebbottom...
ggplot2中有两种绘制条形图的函数:geom_bar() 和geom_col(): #geom_col()中可以直接使用条形图的高度来表示数据中的值,指定x轴和y轴即可 ggplot(df,aes(sample,value))+ geom_col() #geom_bar()默认使用的统计变换方法是count,所以一般指定需要计数的列即可 ...