(3)网址:http://gepia.cancer-pku.cn/(GEPIA1.0版) 或http://gepia2.cancer-pku.cn/(GEPIA2.0版)。 2.GEPIA如何分析? GEPIA1.0数据分析平台可分为3大模块:①肿瘤类型分析(Cancer Type Analysis);②单基因分析(Single Gene Analysis);③多基因分析(Multiple Gene Analysis)。 GEPIA2.0版多了一个模块:Custom ...
GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)web工具于2017年首次发布,基于TCGA和GTEx数据库中的肿瘤和正常样本进行基因表达分析。它提供差异表达分析、轮廓绘制、相关性分析、患者生存分析、相似基因检测和PCA分析。http://gepia.cancer-pku.cn/。 1.基因表达的一般...
GEPIA2数据库由北京大学张泽民教授团队开发,存放的数据来自TCGA和GTEx(Genotype-Tissue Expression,),由于在TCGA中的normal样本偏少,部分癌症的RNA-seq甚至没有匹配的normal组织样本,因此纳入GTEx的normal组织样本可以对TCGA进行一个互补。 GEPIA2主要有两大功能:Expression Analysis和Custom Data Analysis。在Expression Anal...
GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的,是基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本进行基因表达分析的一个资源。今天向大家介绍一下更新和增强的GEPIA2版本,提供了更高的resolution和更多的功能。 数据库介绍 GEPIA2具有198 619种isoforms(功能上相似的蛋白质,具有相似但不完全相...
好用的数据库分享😘。科研分享:GEPIA2数据库 GEPIA2是基于TCGA数据库中的数据而建立的数据库,操作简单,不需要繁琐的下载过程以及分析过程,通过简单的操作便可得到自己想要的结果,推荐使用!数据库入口:http://gepia.c - 易晋达科研于20231116发布在抖音,已经收获了
大家好,小云又来更新喽~今天给大家讲讲GEPIA数据库的使用教程吧! 1.GEPIA是什么? (1) 中文名为:基于基因表达水平值的交互式分析平台,英文为:Gene Expression Profiling Interactive Analysis。 (2) GEPIA是在线生信分析工具,零代码操作。GEPIA中整理了每一个可检索的基因在不同肿瘤样本中的表达值,可以计算某个基因...
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GEPIA2数据来源 如图所示，GEPIA2数据来源于TCGA和GTEx数据库。TCGA我们已经介绍过，不过GEPIA2对TCGA数据经过了筛选，具体筛选标准并没有详细介绍。比如肝癌TCGA有372例肿瘤组织，这里只有369例。下面简单介绍一下GTEx GTEx GTEx全称Genotype-Tissue Expression,该项目研究来自449名生前健康的人类捐献者的7000多份尸检样本...
1.GEPIA是什么?(1)中文名为:基于基因表达水平值的交互式分析平台,英文为:Gene Expression Profiling Interactive Analysis。(2)GEPIA是在线生信分析工具,零代码操作。GEPIA中整理了每一个可检索的基因在不同肿瘤样本中的表达值,可以计算某个基因在某种肿瘤中的表达水平,还可以分析基因与肿瘤预后的关系、基因间的共表达...
GEPIA网址: http://gepia.cancer-pku.cn/ 这个网站由北京大学团队开发,整合了TCGA、GTEx等公共数据库的资源。 GEPIA服务器上的所有数据集都由标准pipeline计算,并且彼此兼容。使用 Google Chrome 浏览器可以获得最好的可视化效果。 GEPIA是一个网络服务器...