上篇公众号推文“如何从GEO数据库下载数据”里,我们选中了包含有正常组织和肿瘤组织的、与肺癌相关的基因表达数据集GSE85841,得到了(1)表达矩阵“series matrix”文件和(2)GPL平台注释文件。 此时下载的为txt文本格式的数据集,需右键→打开方式→用excel打开,或者直接将txt文本拖到已经打开的excel表格中。 步骤1 首先...
上篇推文“如何从GEO数据库下载数据”里,我们选中了包含有正常组织和肿瘤组织的、与肺癌相关的基因表达数据集GSE85841,得到了(1)表达矩阵“series matrix”文件和(2)GPL平台注释文件。 此时下载的为txt文本格式的数据集,需右键→打开方式→用excel打开,或者直接将txt文本拖到已经打开的excel表格中。 首先打开GPL文件。
上篇公众号推文“如何从GEO数据库下载数据”里,我们选中了包含有正常组织和肿瘤组织的、与肺癌相关的基因表达数据集GSE85841,得到了(1)表达矩阵“series matrix”文件和(2)GPL平台注释文件。 此时下载的为txt文本格式的数据集,需右键→打开方式→用excel打开,或者直接将txt文本拖到已经打开的excel表格中。 步骤1 首先...
6048 -- 6:42 App R语言数据处理10 GEO数据库临床信息提取和整理 3544 1 9:04 App R语言数据处理14 多组样本DESeq2差异分析 1.5万 94 13:53 App R语言数据处理WGCNA分析,一键出图 1406 -- 31:42 App [Precision Oncology] 中科院1区SCI复现 第一周 文献串讲 单细胞空转 肿瘤微环境 1272 1 5:...
(fit2,adjust="fdr",sort.by="B",number=250)##这里需要注意的是只选取了前250个数据tT<-subset(tT,select=c("ID","adj.P.Val","P.Value","t","B","logFC","RANGE_START","RANGE_END","RANGE_STRAND","SEQUENCE","GB_ACC","ORF","SPOT_ID"))write.table(tT,file=stdout(),row.names=...
1. 首先，我们从官网下载了三个文件：基因表达矩阵《TCGA.COADREAD.sampleMap_HiSeqV2.gz》，包含20,531个基因和434个样本的log2(norm_count+1)处理数据；临床表型数据《TCGA.COADREAD.sampleMap_COADREAD_clinicalMatrix》，包含736个样本的性别、年龄、体重等124列信息；以及生存情况数据《survival_...
举个从GEO数据库下载的样例,逐步介绍RMA进行CEL表达谱数据标准化,以及limma算法提取差异表达基因的过程。source("链接")biocLite("affy")biocLite("Biobase")biocLite("tkWidgets")library(affy)AffyData<-ReadAffy(widget=TRUE)exprsSet.RMA<-rma(AffyData)##用rma方法处理数据exp.RMA<-exprs(exprsSet.RMA)##...
一、简单认识一下GEO数据库 入口:在NCBI主页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/的搜索入口输入关键字,比如某个基因或某个疾病,选择数据类型为GEO DataSets。如果想直接看某个基因在一些不同的GEO数据集中表达量,可以直接选择数据类型为GEO Profiles。 详细的页面介绍,搜索方法,参数设置,数据介绍可以看这里https://www...