上篇推文“如何从GEO数据库下载数据”里,我们选中了包含有正常组织和肿瘤组织的、与肺癌相关的基因表达数据集GSE85841,得到了(1)表达矩阵“series matrix”文件和(2)GPL平台注释文件。 此时下载的为txt文本格式的数据集,需右键→打开方式→用excel打开,或者直接将txt文本拖到已经打开的excel表格中。 首先打开GPL文件。
上篇公众号推文“如何从GEO数据库下载数据”里,我们选中了包含有正常组织和肿瘤组织的、与肺癌相关的基因表达数据集GSE85841,得到了(1)表达矩阵“series matrix”文件和(2)GPL平台注释文件。 此时下载的为txt文本格式的数据集,需右键→打开方式→用excel打开,或者直接将txt文本拖到已经打开的excel表格中。 步骤1 首先...
上篇公众号推文“如何从GEO数据库下载数据”里,我们选中了包含有正常组织和肿瘤组织的、与肺癌相关的基因表达数据集GSE85841,得到了(1)表达矩阵“series matrix”文件和(2)GPL平台注释文件。 此时下载的为txt文本格式的数据集,需右键→打开方式→用excel打开,或者直接将txt文本拖到已经打开的excel表格中。 步骤1 首先...
41(附代码)GEO高通量数据下载与整理,保姆级教程,带你零基础学生信,一键整理GEO数据与临床样本数据 1.6万 100 13:53 App R语言数据处理WGCNA分析,一键出图 1677 1 47:36 App 基因测序的基本原理以及转录组测序数据的上游分析【GEO数据库】 573 0 01:36 App GEO课程-1.必备R包安装 578 0 13:53 App GEO...
一、简单认识一下GEO数据库 入口:在NCBI主页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/的搜索入口输入关键字,比如某个基因或某个疾病,选择数据类型为GEO DataSets。如果想直接看某个基因在一些不同的GEO数据集中表达量,可以直接选择数据类型为GEO Profiles。 详细的页面介绍,搜索方法,参数设置,数据介绍可以看这里https://www...
需要下载的数据 结果文件 得到三个本地文件: 1、《TCGA.COADREAD.sampleMap_HiSeqV2.gz》:基因表达矩阵,包括20,531行基因 X 434 列样本,已经过log2(norm_count+1)处理; 2、《TCGA.COADREAD.sampleMap_COADREAD_clinicalMatrix》:临床表型数据,736行样本 X 124列信息; 3、《survival_COADREAD_survival.txt...
1. 首先，我们从官网下载了三个文件：基因表达矩阵《TCGA.COADREAD.sampleMap_HiSeqV2.gz》，包含20,531个基因和434个样本的log2(norm_count+1)处理数据；临床表型数据《TCGA.COADREAD.sampleMap_COADREAD_clinicalMatrix》，包含736个样本的性别、年龄、体重等124列信息；以及生存情况数据《survival_...
举个从GEO数据库下载的样例,逐步介绍RMA进行CEL表达谱数据标准化,以及limma算法提取差异表达基因的过程。 source("链接") biocLite("affy") biocLite("Biobase") biocLite("tkWidgets") library(affy) AffyData<-ReadAffy(widget=TRUE) exprsSet.RMA<-rma(AffyData)##用rma方法处理数据 ...
从GEO数据库中下载此数据集后,同样也需要对表格其进行合并处理。合并步骤与本文讲解内容一致。最终我们得到的,即为一个含有样本生存数据等临床信息、目标基因在各个样本中的表达情况总表。大家可以将此当作练习,既学习了处理不同内容的表格,同时也复习了本课所讲的内容。 在学习过程中,有任何疑问,都可以私信我咨询~...