2)超过50%比对率的transcriptomic数据用于分析,所以质检可能很松,并且缺样品 上传的数据类型多样,可能不能直接比较,例如RNA-seq和RIP-seq都在矩阵里,但是不好直接比较。 3)Normalized矩阵文件并非充分标准化的。 对生信数据分析行业带来的冲击: 1)GEO的RNA-seq分析几乎要变得免费,无门槛了 2)有了表达矩阵,直接省了...
然而,一直以来GEO2R仅针对芯片数据,对于越来越多的测序数据,只能下载所上传的matrix矩阵,进行分析,若没有上传表达矩阵,或者基因组版本不合适的话,往往还得下载原始数据重新分析,耗时耗力。 最近,NCBI GEO团队推出了一项“王炸”更新:GEO2R可以直接分析RNA-seq测序数据了。 小伙伴们:喜大泪奔(喜闻乐见、大快人心...
最近,NCBI GEO团队推出了一项“王炸”更新:GEO2R可以直接分析RNA-seq测序数据了。 GEO2R是NCBI GEO团队针对上传到GEO的芯片数据开发的一款在线差异分析、可视化作图工具,是广大数据分析人员的福音。然而,一直以来GEO2R仅针对芯片数据,对于越来越多的测序数据,只能下载所上传的matrix矩阵,进行分析,若没有上传表达矩阵,...
最近,NCBI GEO团队推出了一项“王炸”更新:GEO2R可以直接分析RNA-seq测序数据了。 GEO2R是NCBI GEO团队针对上传到GEO的芯片数据开发的一款在线差异分析、可视化作图工具,是广大数据分析人员的福音。然而,一直以来GEO2R仅针对芯片数据,对于越来越多的测序数据,只能下载所上传的matrix矩阵,进行分析,若没有上传表达矩阵,...
上传的数据类型多样,可能不能直接比较,例如RNA-seq和RIP-seq都在矩阵里,但是不好直接比较。 3)Normalized矩阵文件并非充分标准化的。 对生信数据分析行业带来的冲击: 1)GEO的RNA-seq分析几乎要变得免费,无门槛了 2)有了表达矩阵,直接省了下载、比对的时间,极大提高了工作效率 ...