在GEO数据库中RNA高通量测序被称为Expression profiling by array。 ● 非编码RNA表达芯片:利用芯片来分析和定量非编码RNA表达的技术。在GEO数据库中该测序也被称为Non-coding RNA profiling by array/Non-coding RNA profiling by genome tiling array。 第三代测序 ●
GEO该GSE数据集网页中的: Experiment type: Expression profiling by array 是这样的类型就是芯片数据 对于芯片数据可以再进一步查看是那种类型的芯片,方法如下: 可以在File type/resource里看到数据文件对应的类型,例如有CEL标志就是CEL芯片,有RCC标志的就是RCC芯片。 对于基因芯片数据,不同类型的芯片数据可以用下面的...
(不知道这几个名词概念的,自行查阅上一篇文章:GEO数据库挖掘(1)--SCI文章速成) Study type:研究类型,也即数据类型,这里面内容就非常多了,因为我们做的事表达谱,所以常用的一般就是“Expression profiling by array“或者“Non-coding RNA profiling by array”。点击下方的”Customize”可以查看更多数据类型。 Attri...
GEO该GSE数据集网页中的: Experiment type: Expression profiling by array 是这样的类型就是芯片数据 对于芯片数据可以再进一步查看是那种类型的芯片,方法如下: 可以在File type/resource里看到数据文件对应的类型,例如有CEL标志就是CEL芯片,有RCC标志的就是RCC芯片。 对于基因芯片数据,不同类型的芯片数据可以用下面的...
(2)先在GEO数据库中确定是否为"Expression profiling by array",不是的话不能使用本流程! (3)注意需要自行修改或判断的代码一般放在了两个空行之间 (4)代码的注释有一丢丢多,目的是为了更好地帮助大家理解 1.下载数据,提取表达矩阵、临床信息和GPL编号 代码语言:text AI代码解释 rm(list = ls()) library(...
在结果页面中,我们可以初步看一下该结果对应的发布时间,题目,物种等信息。同时,Experiment type中Expression profiling by array表示该结果是通过芯片获得的表达谱;Overall design中简单介绍了整个研究的设计方案和分组信息。 GEO数据的下载 当获得了芯片的GSE编号...
GEO官网——GEO accession内输入GSE编号——“Experiment type”显示为“Expression Profiling by array” 其中Platforms为GPL平台编号 3、表达矩阵的获取可以直接从网页Download family处下载Series Matrix File(s)(内存大小通常以M为单位),然后放在工作目录下;或者使用以下代码: ...
第二是测序类型,常见的是Expression profiling by array和Expression profiling by high throughput sequencing,这个一般就是mRNA的表达量了,此外还有单细胞,非编码RNA,甲基化等类型,可以根据需要选择。 第三是样本量,一般来讲,样本越多越好,很多分析都对样本量有要求,比如WGCNA就要大于15,双疾病要求每组至少6个样本。
在之前一期内容(走近NCBI(三)——GEO数据库,“生信分析”基础一)中我们介绍过如何利用GEO数据库内置分析工具(Analyze with GEO2R)筛选Expression profiling by array(其实就是microarray)上的差异表达基因。那么如何利用GEO数据库中的原始数据(raw data)自己分析呢?或者像RNA-seq这样无法直接在GEO上分析的高通量测序数...
在结果页面中,我们可以初步看一下该结果对应的发布时间,题目,物种等信息。同时,Experiment type中Expression profiling by array表示该结果是通过芯片获得的表达谱;Overall design中简单介绍了整个研究的设计方案和分组信息。 image GEO数据的下载 当获得了芯片的GSE编号后,我们接下来需要将其对应的数据进行下载,从而根据...