### 1.获取数据 rm(list = ls()) library(stringr) library(tinyarray) gse = "GSE474" geo = geo_download(gse) geo$exp = log2(geo$exp+1) ### 2.生成分组向量与探针注释 #注意仍然是对照组放在levels的第一个位置 #三分组一般是两两比较,后面差异分析时看清楚谁比谁就可以了。 Group=str_spli...
下载成功后,可以看到结果是一个xls的表格,点开表格找到download-path这一列,copy网址下载原始数据。 我是在服务器上下载,所以直接 wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR000/891/SRR891273/SRR891273.sralite.1 友情提示:尽量选在国内的上午时间下载,这样下载的速度会...
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE102nnn/GSE102031/matrix/GSE102031_series_matrix.txt.gz(42M) 如果想要下载原始数据,可以点击Download下面的下载链接进行下载 还可以通过直接查找SRA编号—Send to—File—Runinfo下载csv表格,打开后有一个下载链接可以直接下载 下载完成后您可能有些疑问,我们会得到...
点击Display,或获取一个聚类的热图,鼠标放在热图上谁有一个红色的虚线框,可以通过上下拖动边框调整选择的区域大小。可以点击DOWNLOAD 下载数据。 点击Stack up 可以将所选择的区域放大,能够看见基因名称。 点击Plot value可以看见探针在样本中的曲线图。 此外Cluster heatmaps工具中还有一个Partitional (K-means/K-media...
GeoGebra, free download for Windows. Tool that enables users to visualize and interact with mathematical concepts through dynamic geometry, algebra and calculus.
1: In download.file(sprintf("https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/%s/%s/matrix/%s", :downloadedlength540672!= reportedlength3512356 你可能会选择重试,但是又会遇到下面这个问题: gset<- getGEO("GSE87023", GSEMatrix =TRUE, AnnotGPL=TRUE)Found1 file(s)GSE...
SupplementaryfileSize Download File type/resource SRP/SRP067/SRP067844 (ftp) SRA Study GSE76381_ESMoleculeCounts.cef.txt.gz5.9Mb (ftp)(http) TXT GSE76381_EmbryoMoleculeCounts.cef.txt.gz5.3Mb (ftp)(http) TXT GSE76381_MouseAdultDAMoleculeCounts.cef.txt.gz1.0Mb (ftp)(http) TXT ...
# R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method",'auto') kk.up <- enrichKEGG(gene = gene_up, organism = "mmu", #看自己数据是什么类型我的是小鼠 keyType = "kegg", pvalueCutoff = 0.9, qvalueCutoff = 0.9) head(kk.up)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE164073 直接换成自己的GSE号就行了 6,局限 GEO上的数据太杂了,GEO team没有对数据质量等深入检查(合不合适他们不管,先跑了再说),所以有以下局限性: 1)counts表达矩阵可能跟已发表文章的不一致 ...
2、在检索界面中拉动右侧滚动条,可看到Platforms 与Download family关节词条,这些词条底下红色方框圈住的区域的数据就是我们需要下载的数据。 3、下载platform数据,点击上图中红色方框圈住的GPL17586,进入到平台信息界面,在界面下拉找到Download full table...,点击即可下载到本地。