# geo_download()函数直接从国内镜像下载表达矩阵,得到exp,pd,gpl library(tinyarray) library(stringr) gse = "GSE42872" geo = geo_download(gse) boxplot(geo$exp) # 发现不需要 log 转化 # 获取分组信息和探针注释 Group=ifelse(str_detect(geo$pd$title,"Control"), "control", "treat") Group = ...
2.函数[<函数>,<x-起始值>,<x-终止值>] 在输入框内输入: 函数(e^x*(2x-1),-2.5,3/4) 回车即可画出函数图像 隐藏滑动条,按前文所述方式导出图片即可 4.如何限制圆锥曲线的边界 有朋友可能会马上尝试使用指令如果[<条件>,<结果>]来画...
添加分组信息 library(tinyarray) edat = geo_download("GSE231920") pd = edat$pd 可以自行提取GSE的分组信息 代码语言:R 复制 scRNA$seurat_annotations=Idents(scRNA)#加入细胞类型列#利用ifelse函数判断是处理组还是对照组scRNA$group=ifelse(scRNA$orig.ident%in%c("sample1","sample2","sample3"),"treat...
用GeoGebra画正比例函数 01:38 再见,广告!指定文件类型检索,以pdf、ppt为例 02:01 用Calibre给epub/mobi加目录 03:15 一键即达:关联视频设置,播放时嵌入其他相关视频 01:32 古籍在线阅读平台——识典古籍,包含永乐大典,国家图书馆合作 01:56 剑桥大学师训课介绍(A Level, IGCSE 等) 03:08 无标签...
重点就是得到表达矩阵,它封装好了一个函数,lumiExpresso可以直接处理LumiBatch对象,这个函数结合了,N,T,B,Q(normalization,transformation,backgroud correction,qulity control)四个步骤,其中Q这个步骤又包括8种统计学图片。在该包的文章有详细说明:/content/24/13/1547.full 而LumiBatch 对象是通过 lumiR.batch 读取...
而且,我已经把下载GEO数据集的表达矩阵这个过程包装成了函数,如下: downGSE <- function(studyID = "GSE1009", destdir = ".") { library(GEOquery) eSet <- getGEO(studyID, destdir = destdir, getGPL = F) exprSet = exprs(eSet[[1]]) ...
大神写过函数downGSE,下载数据、导出表达矩阵和分组信息的csv一气呵成。 downGSE<-function(studyID,destdir="."){library(GEOquery)eSet<-getGEO(studyID,destdir=destdir,getGPL=F)exprSet=exprs(eSet[[1]])pdata=pData(eSet[[1]])write.csv(exprSet,paste0(studyID,"_exprSet.csv"))write.csv(pda...
综上所述,R语言提供了强大的功能和丰富的工具来处理GEO数据库的数据。通过使用相关的R包和函数,我们可以轻松地下载、读取、处理和分析GEO数据库的数据,并使用数据可视化技术直观地展示和解释这些数据。因此,R语言是生物医学研究中处理GEO数据库的首选工具。
geopandas的函数较多,这里我选了几个运行和学习,大家有兴趣可以根据自己的需要进行学习。 geopandas作为一个Python与GIS结合的库,根据官网的介绍其提供的功能还是比较丰富的,能够进行较多的地理数据处理,也可以快速绘制一些基础地图,并能够灵活的对地图进行设计。
我在下面左边绘制函数f 的复参数，右边图绘制函数值（也是复数）。同时开启左右两个点的跟踪，鼠标拖动...