# 查看数据par(cex=0.7)n.sample=ncol(Exp2[,-1])if(n.sample>40)par(cex=0.5)cols<-rainbow(n.sample*1.2)boxplot(Exp2[,-1],col=cols,main="expression value",las=2)write.table(Exp2,"Exp_Original.txt",row.names=F,quote=F,sep="\t")row.names(Exp2)=Exp2[,1]Exp2=log(Exp2[,-1...
options('download.file.method.GEOquery'='auto')options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)library(GEOquery)# 首先下载序列gset<-getGEO("GPL21827",destdir="../Analysis/data-GPL-anno")# 保存到本地save(gset,file="../Analysis/data-GPL-anno/GPL21827_eSet.Rdata")# 载入数据lname<-load("../Anal...
通过查看我们发现该表达矩阵的行名为1007sat,1053at,117at,它们是探针ID,不是gene symbol。 2.下载GPL数据,用AnnoProbe提取探针信息 > library(AnnoProbe) > idprob = AnnoProbe::idmap("GPL570",type = 'soft') trying URL 'http://49.235.27.111/GEOmirror/GPL/GPL570_soft.rda' Content type 'application...
# 设置下载方式options('download.file.method.GEOquery'='auto')options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)# 加载需要用到的R包library(GEOquery)library(Biobase)# Download GPL file, put it in the current directory, and load it:gpl<-getGEO("GPL570",destdir=".")colnames(Table(gpl))head(Table(gpl)...
ID转换 rm(list=ls())#清除环境变量 Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE"=131072*600)#配置系统内存 ###变量设置### setwd("E:\\文献阅读\\Geo数据")#设置工作路径 mat="GSE55457_series_matrix.txt"#基因表达矩阵 gpl="GPL96-57554.txt"#平台文件 a=1#平台文件的ID列号...
以GSE63514为例，平台为GPL-570。建议小伙伴们在GEO数据库中自行下载实例数据集。使用小果提供的方法，只需在官网搜索数据集并查看样本信息。在GPL平台页面，确认是否包含Gene Symbol信息。如有，利用Symbol即可轻松转换ID至基因名称。若缺失该信息，则代码可能无法满足需求。接下来，我们将开始数据整理流程。
GEO的表达矩阵的探针ID转换成基因名称教程 前情回顾 根据GSE id自动下载处理GEO数据(必须要运行的模块)...
一、数据库 GEO数据库 TCGA数据库(本教程讲解GEO数据库ID转换) …… 了解GEO数据库 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号 ## 用法 理解起来也很容易。一篇文章可以有一个或者多个GSE数据集,一个GSE里面可以有一个或多个...
视频介绍GEO数据库多数据集差异分析整合利器，再也不用纠结去除批次效应--RobustRankAggreg(RRA)，持续...
alter 铁杆会员 8 ID转换 探针名转换成基因名GEO数据集注释lncRNA重注释生僻GPL平台的注释 送TA礼物 来自Android客户端1楼2020-07-22 20:35回复 alter 铁杆会员 8 。。。 来自Android客户端2楼2020-07-27 00:15 回复 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规...