hgu95av2SYMBOL#toTable()是S4的一个泛型函数,可以替代as.dataframe()ids<-toTable(hgu95av2SYMBOL)head(ids)#得到了ids注释包这步就完成了,就可以接着做Step2的基因ID转换了 1.2 方法二:或者点击GEO数据库下载页面的GPL,如果有上传注释包的话就可以直接下载,下载完之后,直接到 下文1.4 步骤接着往下做 1.3 ...
ids,by.x="probe_id",by.y="probe_id")# 合并数据exp2=exp2[!duplicated(exp2$symbol),]# 按照symbol列去重# 数据框probe_exp的行名变成symbolrownames(exp2)=exp2$symbol
在基因表达数据分析中，了解特定的基因探针平台（GPL）的注释信息是非常重要的。`GEO`，或者称为`Gene ...
生信专栏 |GEO数据库挖掘(一):数据查询与下载+读取 在最后我们得到了列名是样本名,行名是探针ID的矩阵: 这一节,我们来实操如何实现基因symbol ID转换,我也会针对大家找注释文件的各种情况,逐一介绍,话不多说,直接开始! 开始实操 Step1...
在GEO分析的时候先选top250,等跳出top250之后，页面会有一个选项是select columns，然后打开这个选项，...
视频介绍GEO数据库多数据集差异分析整合利器，再也不用纠结去除批次效应--RobustRankAggreg(RRA)，持续...
在GEO分析的时候先选top250,等跳出top250之后，页面会有一个选项是select columns，然后打开这个选项，...
这个是官网的页面,数据的soft文件就是平台数据 读取在GEO官网下载的平台文件(首先把该文件放在R的工作目录里) GPL=getGEO(filename='GSE6956_family.soft.gz') 提取信息(可以通用) gpl=GPL@gpls[[1]]@dataTable@table colnames(gpl) 我只要ID和symbol,这两列在1,11列,所以下面的数字为1,11 ...
ids,by.x="probe_id",by.y="probe_id")# 合并数据exp2=exp2[!duplicated(exp2$symbol),]# 按照symbol列去重# 数据框probe_exp的行名变成symbolrownames(exp2)=exp2$symbol