GEO数据库表达谱差异基因分析 关于GEO数据库表达谱差异基因分析,网上有很多教程,但很多都不系统,几乎千篇一律,而且都是直接使用整理好的矩阵文件来操作的。大家都知道,GEO数据库只负责用户上传数据,而不负责对数据质量的控制,因此,有小伙伴也会发现,自己下载好的矩阵文件里面基因表达量数值特别大而且数据不集中,究其...
可以看到,差异基因已经输出在cel文件下面了。 打开EXCEL文档。这些便是进入我们求出的差异基因,通过P-value来设定CUT-OFF值后便可得到上下调的差异基因,这些差异基因可以继续进行生信分析(且听以后分解)。 这就是小编今天为大家带来的GEO数据库基因表达芯片分析流程,虽然有点小复杂,但是仔细钻研,还是挺有意思!下期,我...
接下来我们就开始处理数据和分析数据了! 对正常组数据进行预处理 #设置工作目录为正常组cel文件路径为工作目录setwd("F:\\BioInfoLab\\GEO_DATA\\normal")Data<-ReadAffy() sampleNames(Data) N <-length(Data)eset.rma <- rma(Data)normal_expre <- exprs(eset.rma)probeid <- rownames(normal_expre)no...
可以看到,差异基因已经输出在cel文件下面了。 打开EXCEL文档。这些便是进入我们求出的差异基因,通过P-value来设定CUT-OFF值后便可得到上下调的差异基因,这些差异基因可以继续进行生信分析(且听以后分解)。 这就是小编今天为大家带来的GEO数据库基因表达芯片分析流程,虽然有点小复杂,但是仔细钻研,还是挺有意思!下期,我...
下拉页面至最底端!直接点击GEO2R选项,GEO2R是GEO数据库自带的在线分析工具,本帖将介绍使用GEO2R分析差异基因。 点击GEO2R后弹出如下界面,这步最重要的是定义分组。 首先需要对样本芯片进行分组,下拉Define groups,分别创建两个分组T(肿瘤组),C(对照组),分别点击回车键完成分组 ...
可以看到,差异基因已经输出在cel文件下面了。 打开EXCEL文档。这些便是进入我们求出的差异基因,通过P-value来设定CUT-OFF值后便可得到上下调的差异基因,这些差异基因可以继续进行生信分析(且听以后分解)。 这就是小编今天为大家带来的GEO数据库基因表达芯片分析流程,虽然有点小复杂,但是仔细钻研,还是挺有意思!下期,我...
文章主要思路是利用GEO数据库中椎间盘退变(IDD)血液样本的GSE124272基因表达谱数据进行差异分析,结合脂质代谢相关基因(LMRGs),利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出与IDD进展有关的hub LMRGs,并对hub LMRGs进行功能富集分析和免疫浸润分析。采用主成分分析、机器学习模型和表达验证等方法来评估hub LMRGs ...
打开EXCEL文档。这些便是进入我们求出的差异基因,通过P-value来设定CUT-OFF值后便可得到上下调的差异基因,这些差异基因可以继续进行生信分析(且听以后分解)。 这就是小编今天为大家带来的GEO数据库基因表达芯片分析流程,虽然有点小复杂,但是仔细钻研,还是挺有意思!下期,我将为大家介绍无代码版的GEO数据分析方法(不会...
下拉页面至最底端!直接点击GEO2R选项,GEO2R是GEO数据库自带的在线分析工具,本帖将介绍使用GEO2R分析差异基因。 点击GEO2R后弹出如下界面,这步最重要的是定义分组。 首先需要对样本芯片进行分组,下拉Define groups,分别创建两个分组T(肿瘤组),C(对照组),分别点击回车键完成分组 ...
上次为大家介绍了分析GEO数据库基因表达谱差异基因的R版本,可能很多小伙伴在运行R时候会出现很多报错,导致R代码运行失败,不过没关系(...