第一步 进入david数据库:Functional Annotation Tools,点击菜单栏Shortcut to DAVID Tools→点击Gene ID Conversion,将所有基因复制左边的白框中,图1红圈里是白框位置,图2是输入格式。 图1 图2 第二步:For species框中输入Homo sapiens→点击submit to Conversion Tool。等待一会(时间稍长)。 图3 第三步:点击OF...
gene_id <- bitr(gene_symbol$SYMBOL, #前面得出的gene_symbol为数据框,所以这里要取子集 fromType = "SYMBOL", #需要转换的类型 toType = c("ENTREZID"), #需要转换为的类型 OrgDb = org.Hs.eg.db) #注释包 > head(gene_id) SYMBOL ENTREZID 1 MMP1 4312 2 CDC45 8318 3 NMU 10874 .. 4 ...
参考Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)[https://blog.csdn.net/weixin_40739969/article/details/89354167]
基因的命名有很多种,常见的有GeneSymbol、ENSEMBLID、EntrezID等,为了在不同的基因命名方式之间快速转换,使用OrgDb。 image.png library(org.Hs.eg.db)hs<-org.Hs.eg.dbmy.symbols<-c("ANKRD62P1-PARP4P3")select(hs,keys=my.symbols,columns=c("ENTREZID","SYMBOL"),keytype="SYMBOL")# SYMBOL ENTREZID...
② 云工具【基因id转换】该小工具使用R包org.*.eg.db(Version:3.14.0),实现常见物种的基因id转换,输入待转换的基因id类型(Ensembl gene ID、NCBI Entrez gene ID或Gene Symbol),将输入的基因类型,转化为另外几种类型。可选物种包括人、小鼠、大鼠、牛、狗、鸡、蝇、拟南芥等。③ 云工具【同源基因转换...
如果是想将ucsc的gene ID转化为gene symbol,需要从ucsc下载一个两者的对应关系,方法如下:UCSC->Table->clade(Mammal)->genome(Human)->assembly(GRch37/hg19)->group(Genes and Gene Prediction Tracks)->track(RefSeq Genes)->table(kgXref)->output format(selected fields from primary and ...
我们在研究基因的时候,尤其是在研究高通量数据分析,经常会碰到我们研究的这个数据的基因ID不是我们通常意义上的基因名。拿TCGA的数据举例,TCGA RNA-seq的数据比对的基因是ID是Ensembl数据库的ID号,如果我们拿到这样的ID号的话,有一些分析是进行不下去的,所以需要转化为传统意义上的Gene Symbol。基因ID转换的工具...
Uniprot基因ID/名称转换方法 1、打开uniprot网站,https://www.uniprot.org; 2、点击“Retrieve/ID mapping”,跳转页面进入ID转换界面; 3、上传ID列表,选择转换类型,进行转换; 4、查看并下载转换后的数据。 BioDBnet基因ID/名称转换方法 1、打开网站https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php; ...
在基因注释时,难免碰到各种GENE在不同数据库之间的ID转换(例如,Ensembl ID 转Entrez ID,或者Entrez ID与GENE Symbol之间的转换)。这里介绍一下常用的三个在线网站, DAVID、bioDBnet、Ensembl Biomart, DAVID访问太慢,Ensem